La terza stagione della serie televisiva Una mamma per amica (3), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 24 Settembre 2002 al 20 Maggio 2003. Disponibile in Italia dal 25 Agosto 2003 al 20 Settembre 2003.
Trama di Una mamma per amica 3. Rory torna da Washington e riprende la sua storia con Dean come se niente fosse, ma una sferzata di gelosia la riporta alla realtà quando vede Jess con un'altra. La tensione tra i tre ragazzi cresce fino al punto che Dean, ferito e umiliato dalla palese attrazione di Rory per Jess, la lascia durante la Gara di Ballo di Stars Hollow. Jess e Rory decidono di provare a stare insieme, ma il loro rapporto non è dei più sereni. Nel frattempo Rory ha dei dubbi sul suo futuro e anche se Harvard è stato il suo sogno fin da bambina, alla fine decide di iscriversi a Yale, l'università dei nonni. Lorelai e Sookie continuano a lavorare per realizzare il loro progetto di aprire il Dragonfly, ma per pagare la retta di Rory, Lorelai è costretta a rinunciare al sogno. Tuttavia, Richard e Emily fanno un accordo con Rory per finanziare i suoi studi, permettendo a Lorelai di andare avanti con la locanda. Sookie e Jackson aspettano il loro primo figlio mentre Luke fa la conoscenza di Nicole, un'affascinante avvocatessa. Dean riesce a superare il dolore per la rottura con Rory e si fidanza ufficialmente con Lindsay, anche se in cuor suo non ha mai smesso di amare la sua ragazza Gilmore. Jess continua ad avere problemi e decide di lasciare la città per raggiungere suo padre. Rory se ne fa una ragione e il giorno del diploma gli dice addio quando riceve una sua telefonata anonima. Lorelai incontra di nuovo Max Medina e sembra che tra i due ci sia un ritorno di fiamma; ma in realtà lei si rende conto che il suo cuore spasima per qualcun'altro, qualcuno che al momento è impegnato in una crociera romantica.
Luke è il protagonista di un sogno intrigante di Lorelai; Rory torna da Washington e capisce che la distanza non ha cancellato i suoi sentimenti per Jess, ma al consueto festival della città per l'inizio dell'estate, si rende conto che Jess invece ha deciso di dedicarsi a qualcun'altra. In città ci sono scontri un po' ovunque, Sookie e Jackson litigano per l'arredamento della casa, Rory e Lorelai per Jess e Dean, Emily e Richard per Lorelai e Christopher. Nel frattempo Rory aiuta Paris a prepararsi in vista di un appuntamento galante.
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Kirk chiede un appuntamento a Lorelai con sommo orrore di quest'ultima; Emily va a pranzo con Lorelai da Luke, ma purtroppo l'incontro finisce male, Christopher fa la sua apparizione a sorpresa durante la cena del venerdì, creando scompiglio in famiglia, fin quando Emily non gli chiede di andarsene. Jess e Rory discutono, ciascuno per le proprie motivazioni: Rory per colpa di Shane e Jess per essere stato messo da parte per tutta l'estate da Rory.
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A casa Gilmore arriva il modulo di iscrizione ad Harvard e la notizia crea ansia a Lorelai ed Emily. Rory e Paris assistono ad un seminario preparatorio per il college che getta le ragazze nel panico più totale. Taylor da' il tormento a Luke con la sua idea di aprire un negozio accanto alla tavola calda. Lane pubblica un annuncio sul giornale per formare una rock band. Dean e Rory parlano del loro futuro in vista della partenza di Rory per l'università.
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Luke e Jess discutono a causa delle donne che entrano e escono dalle loro vite sentimentali (nonché dai loro armadi); Lane cerca di alleviare un po' lo stress che la opprime, con un guizzo di indipendenza piuttosto colorato, Rory è oppressa dalla presenza di Shane che sembra essere ovunque.
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Lorelai si reca ad un evento organizzato da Emily e fa la conoscenza di un uomo molto affascinante, ma purtroppo non riesce ad avere il suo numero di telefono. Per ottenerlo chiede l'aiuto di Emily, ma scopre, dopo il primo appuntamento, che il fascino che l'aveva intrigata era frutto di una prima impressione del tutto errata. Rory va ad innaffiare le piante del nuovo vicino di casa, ma l'innaffiatoio automatico si inceppa e Jess accorre in suo aiuto.
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Lorelai accompagna Rory a casa di Sherrie e Christopher, in occasione del party organizzato per la nascita della sorellina. Miss Patty ha un nuovo fidanzato, Jess torna a casa con un'auto nuova e Luke cerca di scoprire dove ha trovato i soldi per comprarla.
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Lorelai è determinata a vincere la maratona di ballo di Stars Hollow, battendo Kirk che da quattro anni detiene il titolo. Purtroppo non riesce a trovare un partner e alla fine convince Rory a partecipare con lei. Dean è seduto a fare il tifo per la sua ragazza, ma presto è raggiunto da Jess che si piazza in bella vista con Shane per dare sui nervi a Rory. Le cose cominciano a degenerare e Dean non ne può più di questa situazione in cui si sente il terzo incomodo e decide di rompere con Rory lasciandola davanti a tutta la città.
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Dopo aver vinto la Maratona di Ballo, Kirk non fa che pavoneggiarsi con tutta la città mostrando orgoglioso il suo trofeo, fino a quando qualcuno non decide di rubarglielo. Lorelai informa Luke di quello che è successo tra Jess e Rory, Luke interrompe il primo bacio tra i due dichiarando che dovranno comportarsi bene e seguire le regole. Rory e Lorelai accettano a malincuore l'invito del Nonno alla riunione degli alunni di Yale, dove purtroppo si troveranno di fronte a una sgradita sorpresa. Al ritorno le due Gilmores vanno come di consueto da Luke e finalmente Rory e Jess possono scambiarsi i primi baci. Rory decide di andare da Dean per chiedergli scusa del suo comportamento e per dirgli che sente la mancanza della sua amicizia. Di sera Lorelai e Rory leggono la brochure di Yale mentre sono a letto, aprendosi alla possibilità di cambiare le scelte fatte in precedenza.
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E' Il giorno del Ringraziamento e Lorelai e sua figlia si ritrovano a partecipare a quattro cene diverse: a casa di Lane dove quest'ultima invita anche Dave, da Luke, finendo per cenare con Jess e suo zio come in un doppio appuntamento, da Sookie, dove Jackson e la sua famiglia friggono il tacchino e quasi tutto il vicinato, e infine a casa dei nonni, dove Lorelai, oltraggiata, scopre che Rory vuole frequentare Yale. Kirk decide di adottare un gattino, con risultati disastrosi; Dave chiede a Lane di uscire insieme e le da' un bacio, Paris è preoccupata perché teme di non essere accettata ad Harvard e Dean ha una discussione con Jess.
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La nonna di Lorelai arriva in città per fare una sorpresa a Richard per il suo compleanno e annuncia che ha intenzione di trasferirsi, gettando Emily nel panico più totale. Lorelai accorre in suo aiuto e le suggerisce come trattare con la suocera. Rory dichiara guerra a Francie, dopo che quest'ultima attacca la credibilità di Paris nel Consiglio degli Studenti. Paris scopre di essere innamorata di Jamie dopo aver trascorso le vacanze di Natale con lui e la sua famiglia; Rory e Dean si incontrano per caso e decidono di rinnovare la loro amicizia. Jess, inizialmente, rifiuta di accompagnare Rory al Festival Invernale di Stars Hollow, ma cambia idea quando scopre che Dean parteciperà insieme alla sorellina, Clara, la quale chiede a Rory di accodarsi a lei e suo fratello. Jess fa in modo da restare da solo con Dean e lo avvisa di lasciar perdere ogni piano per riconquistare Rory.
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Lorelai e Sookie frequentano un corso per operatori del settore alberghiero e incontrano un vecchio amico di Sookie e il suo attuale socio. Lorelai deve testimoniare in difesa di sua madre che è stata citata in giudizio da una sua ex dipendente. Francie tende una trappola a Rory che distrugge la fiducia di Paris nei confronti della sua amica.
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Luke si oppone all'idea di Taylor di rivolgersi ad un avvocato per i documenti relativi all'apertura del nuovo negozio, fin quando non fa conoscenza della splendida Nicole, l'avvocato incaricato dallo studio. Il piano di Lane per ottenere il permesso di partecipare al ballo scolastico si rivela un disastro; Luke si presta per insegnare a Lorelai la difficile arte della pesca, dopo che Alex la invita a una partita di pesca in montagna. Lorelai e Rory sgombrano il garage per permettere alla band di Lane di fare le prove. Il conflitto tra Paris e Rory si fa sempre più aspro, tanto che il Preside decide di intervenire personalmente.
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Luke e Nicole trascorrono una magnifica serata al loro primo appuntamento, Jess e Dean continuano a provocarsi verbalmente, Lorelai porta Emily nel fantastico mondo della tecnologia moderna; Richard e Emily danno il loro parere, contrario, sul viaggio in Europa programmato da Lorelai e Rory. La guerra tra Rory e Paris è ormai diventata un incubo e diventa sempre peggio quando Paris pubblicizza un'orribile fotografia di Rory presa dall'annuario.
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Rory ha la pessima idea di portare Jess a una cena dai nonni, cosa che si trasforma ben presto in un disastro. Lorelai, Alex, Sookie e Jackson decidono di trascorrere il week-end a New York. Jess riceve un occhio nero durante una rissa, ma è troppo imbarazzato per raccontarlo. Zach e Brian capiscono che Dave e Lane gli nascondono qualcosa, ma non afferrano bene la natura del segreto in questione. Rory e Jess hanno il loro primo litigio, ma lo zio Luke li aiuta a risolvere le cose.
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Il clan Doose invade la locanda per la solita riunione familiare; Trix arriva in città per una breve visita, con conseguente esaurimento di Emily, ma per una volta Emily avrà un'arma da usare per difendersi. Lane organizza un piano per uscire con Dave chiedendo la collaborazione di Young Chui, ma la gelosia è in agguato per Dave. Il team di hockey di Stars Hollow arriva in semifinale per la prima volta in 40 anni. Rory non esce di casa da parecchie sere a causa del comportamento di Jess, così seguendo il consiglio di Lorelai si reca alla partita di hockey, dove scopre che Dean ha un'altra fidanzata.
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Rory e Paris sono in competizione per il discorso del Bicentenario della Chilton; Sookie e Jackson scoprono che tra poco la loro vita subirà una piacevole svolta. Paris e Rory finalmente depongono le armi e tornano a essere amiche, Lorelai incontra Max ed è ovvio che tra di loro non tutto è chiarito. Paris trascorre la notte con Jamie e ha una crisi di nervi mentre è ospite in tv quando scopre che non è stata ammessa ad Harvard. Finalmente Rory riceve la risposta alla sua domanda di accettazione al college.
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L'Indipendence Inn va a fuoco e Lorelai è costretta ad alloggiare i clienti a casa sua e dei suoi amici, finendo per dormire a casa di Luke, dove Lorelai gli racconta il sogno dove lei era sua moglie e in attesa dei suoi gemelli. Sookie invade la cucina di Luke per preparare la colazione agli ospiti della locanda e finisce per avere un alterco culinario con il padrone di casa. Luke scopre che Jess non frequenta più la scuola e che lavora a tempo pieno al WalMart. Lorelai e Rory cominciano ad avere delle sensazioni strane e antipatiche nei confronti di Nicole e Lindsay. Rory va a trovare Paris e la costringe a reagire e a smettere di guardare le soap opera. Dopo aver fatto una lista dei pro e contro per decidere se frequentare Yale, Princeton o Harvard, Rory confessa a sua madre che ha già fatto la sua scelta.
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Emily e Richard festeggiano Rory che ha deciso di frequentare Yale; Kirk si procura svariate ferite quando partecipa al progetto di Rory di cucinare la pizza più grande del mondo per il compleanno di Lorelai. Michel e Tobin fanno a gara a chi farà il regalo più bello alla festeggiata, ma la gara è vinta da Richard che le dona un assegno di 75.000 dollari. Luke cerca di parlare con Jess delle sue continue assenze a scuola, ma senza risultato. Inoltre fa una pessima impressione ai genitori di Nicole quando descrive la terribile esperienza che sta vivendo come pseudo genitore di Jess.
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Durante il loro primo venerdì sera libero, Rory e Lorelai non sanno cosa inventarsi per trascorrere la serata. Lorelai incontra Max ad una serata organizzata dalla Chilton. Lane e la sua band ottengono il loro primo ingaggio ad una festa, ma le cose tra Dave e Lane non vanno molto bene, come conseguenza, Lane si ubriaca e chiama la madre confessandole la sua attività segreta. Lorelai offre a Luke e Nicole una stanza alla locanda per ringraziarlo di tutto l'aiuto che le ha dato, ma il suo gesto le si ritorcerà contro vedendo quanto sono affiatati insieme. Jess e Rory litigano per via dei voti di Jess e alla fine sarà Dean a consolare Rory.
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Fran Weston, la proprietaria del Dragonfly Inn muore e Lorelai e Sookie cercano finanziamenti per comprare la locanda. Rory e Jess tentano di riavvicinarsi ma non riescono a comunicare tra di loro. Dean annuncia a Rory il suo fidanzamento con Lindsay; la signora Kim da' il suo consenso a Dave per portare Lane al ballo della scuola. Luke scopre del litigio che c'è stato tra Jess e Dean e la sua frustrazione nei confronti di suo nipote non fa che aumentare. Il padre di Jess arriva in città senza preavviso e Luke tenta di allontanarlo da Jess prima che il ragazzo diventi ancora più instabile.
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Jess lascia la città e si dirige a Venice, in California alla ricerca di suo padre, ma la situazione che trova al suo arrivo non è esattamente come l'ha immaginata. Luke avvisa Lorelai della partenza di suo nipote e lei aspetta il momento adatto per comunicarlo a Rory, completamente assorbita dagli esami finali.
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Rory scopre che sua madre ha deciso di rinunciare al Dragonfly per pagare la retta universitaria di Yale e decide di prendere in mano le redini della situazione facendo un accordo finanziario con i nonni. Luke hai dei ripensamenti sul viaggio insieme a Nicole dopo aver parlato con Lorelai. Rory tiene il discorso di commiato alla cerimonia del diploma, un discorso commovente dove ringrazia Lorelai per essere stata una madre fantastica e un'amica insostituibile. Dopo la consegna dei diplomi, Rory riceve una telefonata anonima di Jess e ne approfitta per dirgli addio. Finalmente madre e figlia possono godersi il viaggio in Europa che hanno sempre sognato.
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