La terza stagione della serie televisiva Stargate SG-1 (3), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 25 Giugno 1999 al 10 Marzo 2000. Disponibile in Italia.
Trama di Stargate SG-1 3. Grazie all'intervento di Thor, la Terra entra a far parte dei pianeti che godono della protezione degli Asgard e quindi i Goa'uld non possono più invadere il pianeta. Daniel riesce finalmente a ritrovare sua moglie, ma purtroppo Sha're rimane uccisa; prima della sua morte chiede a suo marito di ritrovare suo figlio e provvedere alla sua sicurezza. Nel frattempo, il Goa'uld responsabile della cattura di Apophis, Sokar, ha imprigionato Jacob e l'SG-1 organizza una missione di salvataggio insieme ai Tok'ra per recuperarlo. Jack riceve notizie di Ska'ara, precipitato sul pianeta dei Tollani in seguito a un guasto. In un momento in cui Klor'el non è presente, Ska'ara chiede aiuto per liberarsi del suo simbionte. Dopo il processo Ska'ara, finalmente libero, torna su Abydos. L'SG-1 continua nelle sue missioni esplorative e grazie a un brillante stratagemma porta allo scoperto un progetto segreto condotto da Maybourne che sta infangando il buon nome dei Terrestri. Dopo un anno di traversie e con la consapevolezza che i Goa'uld non possono attaccare la Terra, la squadra si prepara alle vacanze, ma non ha il tempo di preparare i bagagli che un nuovo nemico si profila all'orizzonte, qualcosa di molto più pericoloso dei Goa'uld: i Replicanti.
Il Generale Hammond e Teal'c stanno organizzando una rischiosa missione di salvataggio con l'aiuto di Bra'tac per recuperare l'SG-1 che si trova a bordo dell'astronave di Hathor. Nel frattempo Jack svela l'inganno orchestrato da Hathor e si riunisce con Carter e Daniel. Purtroppo sono in forte svantaggio e vengono catturati nuovamente. Hathor decide di impiantare una larva Goa'uld usando Jack come ospite...
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I Tok'ra contattano gli alleati terrestri per avvisarli che un Signore del Sistema, conosciuto come Seth, si nasconde fra gli umani facendosi passare per il leader di una setta religiosa basata sulle divinità dell'Antico Egitto. L'SG-1 organizza un piano con l'aiuto di Selmak per fermare Seth evitando di cadere vittima dei suoi poteri di condizionamento mentale.
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Durante una cerimonia ufficiale per la promozione di Carter al grado di Maggiore, O'Neill scompare sotto gli occhi di tutti e trasportato su una nave Asgard che sta orbitando intorno alla Terra. Thor informa Jack che i Goa'uld stanno per attaccare il pianeta come rappresaglia punitiva per la morte di Hathor. Gli Asgard si offrono di includere la Terra sotto la loro protezione e affidano a Jack il compito di condurre le trattative.
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L'SG-1 visita un pianeta dove trova i corpi di nove Goa'uld. Una volta tornati alla base, Daniel comincia a comportarsi in modo strano e i dottori sono convinti che la sua follia sia dovuta ai continui viaggi attraverso lo Stargate.
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In seguito a uno scambio culturale con gli abitanti del pianeta Orban, Daniel e Teal'c rimangono sul posto per raccogliere dati e insegnare agli Orbaniani a difendersi dai Goa'uld, mentre Jack porta una bambina di nome Merrin alla base insieme al suo accompagnatore, Kalan, per ricevere le specifiche di un reattore Naquadah. Con grande sorpresa di tutti è Merrin ad assistere Sam nella costruzione del generatore. La bambina spiega in che modo la sua gente trasmette le conoscenze accumulate, ma O'Neill si rende conto che Merrin non ha idea di cosa sia la spensieratezza dell'infanzia, dei giochi e del divertimento. Contravvenendo agli ordini del Generale la 'rapisce' per insegnarle cosa significhi avere undici anni sulla Terra.
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In una dimensione parallela, Carter e Kawalsky usano lo specchio quantico per arrivare nell'Area 51 della 'nostra' realtà. Portati all'SGC, raccontano che i Goa'uld hanno invaso la loro Terra. Nella loro dimensione, Carter è una scienziata civile ed è sposata con Jack, il quale però è morto durante l'attacco guidato da Teal'c, mentre Kowalsky è ancora in vita. Purtroppo la dottoressa Carter comincia a soffrire degli effetti di una distorsione temporale e la sua sola possibilità di salvezza è ritornare nel suo mondo, occupato dai Goa'uld.
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La squadra cade in un'imboscata e viene catturata da un cacciatore di taglie che ha intenzione di usarli come esca per catturare un Goa'uld. Ma la realtà è diversa da quello che sembra.
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L'SG-1 arriva in un villaggio medievale giusto in tempo per salvare Mary, una giovane donna incatenata lasciata come sacrificio per placare il 'demone' che turba la quiete del villaggio. Simon, amico di Mary, spiega a Jack che Mary è stata scelta per il sacrificio perchè è posseduta, ma in realtà la donna è soltanto affetta da una malattia. Quando il demone arriva e non trova nessuna offerta sacrificale, minaccia di distruggere il villaggio a meno che non riceva cinque persone entro il giorno dopo.
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Arrivando su un pianeta attraverso lo Stargate, l'SG-1 si ritrova nel bel mezzo di una battaglia tra un'armata di Jaffa e un gruppo di soldati SG. Convinti che si tratti della squadra SG-11, dispersa in azione, O'Neill e gli altri si gettano nella mischia per dargli man forte, ma all'improvviso la misteriosa squadra punta le sue armi sull'SG-1.
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Durante uno scontro a fuoco con i Jaffa, Daniel incontra Amonet, il Goa'uld che si è impossessato di Sha're, in una tenda. Amonet usa il bracciale Goa'uld su Daniel che sviene dopo pochi secondi. Quando si risveglia scopre che Amonet (e Sha're) è morta. Jackson cade in depressione e da le sue dimissioni dal Progetto Stargate. Tuttavia il giorno dopo si risveglia al fianco di sua moglie e continua a vederla dappertutto, perfino al suo funerale...
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L'SG-1 arriva su un pianeta i cui abitanti sono colpiti da un'amnesia di massa. Non hanno alcun ricordo delle loro vite precedenti a un evento che loro chiamano 'Vorlix'. Inoltre tutti i cittadini anziani e i bambini sono scomparsi. Il loro leader, una brillante giovane donna di nome Ke'ra, torna sulla Terra con la squadra per collaborare con gli scienziati dell'SGC e trovare una cura. Tuttavia, durante le ricerche l'SG-1 comincia a sospettare che Ke'ra non sia chi dice di essere.
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I Tok'ra arrivano sulla Terra per avvisare Sam che suo padre è stato catturato da Sokar ed è attualmente prigioniero su Netu, un pianeta che potrebbe essere descritto come l'Inferno. La squadra organizza una missione di salvataggio e parte con una nave cargo insieme a Martouf. Jolinar, le cui memorie sono seppellite nel subconscio di Sam, è l'unica persona che sia mai riuscita a scappare da Netu e Martouf cerca di aiutare Carter ad accedere a quei ricordi.
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Sokar si sta preparando a portare la sua nave in orbita attorno a Netu, l'SG-1 escogita un modo per ucciderlo: non avendo a disposizione armi capaci di penetrare i suoi sistemi di difesa, intendono lanciare una testata nucleare nel nucleo del pianeta, scatenando una reazione a catena che farà esplodere il pianeta, distruggendo anche l'astronave di Sokar. L'arma viene lanciata, ma Sam, Jack, Daniel, Martouf e Jacob si trovano ancora sul pianeta e si trovano a combattere un vecchio nemico...
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L'SG-1 torna da una missione e portati in infermeria per il solito check-up. Nel frattempo la base entra in allarme per una fuga di sostanze tossiche e la Dott. Fraisier prepara iniezioni di antidoto per tutta la squadra, in realtà le siringhe contengono sedativi. Il simbionte di Teal'c riesce a combattere la sostanza e Teal'c si accorge che il Generale Hammond sta parlando con alcuni alieni. Scappato dall'infermeria, riesce a svegliare Sam la quale scappa dalla base e contatta il Colonnello Maybourne, avvisandolo che l'SGC è caduto in mani nemiche.
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Narim arriva all'SGC informando Jack e gli altri che la navetta di Klor'el si è schiantata sul loro pianeta e che Ska'ara, in un momento di lucidità, ha fatto richiesta di essere liberato dalla larva Goau'ld. I Tollan sono in grado di farlo, ma la legge prevede una sorta di processo per stabilire a se il corpo appartiene a Ska'ara o a Klor'el. Jack e Daniel sono scelti come rappresentanti di Ska'ara, nel frattempo Sam e Teal'c scoprono che il rappresentante di Klor'el sta macchinando qualcosa...
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L'SG-1 parte per un pianeta che all'apparenza sembra paradisiaco... solo per riattraversare immediatamente lo Stargate terrestre senza alcun ricordo della missione esplorativa, nonostante siano passate più di quindici ore dalla loro partenza. Jack, Sam, Teal'c e Daniel cominciano ad assumere strani comportamenti e dai raggi x si evidenzia un microchip impiantato nel loro cranio. Il programma installato nel chip, Urgo, appare come un'entità amichevole e curiosa che soltanto i membri dell'SG-1 possono vedere. Urgo riesce a influenzare le loro azioni e l'unica cosa a cui sembra essere interessato è il divertimento e i dolci.
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Durante una spedizione su un pianeta abitato da una civiltà preindustriale, lo Stargate viene colpito da una meteora, lasciando O'Neill intrappolato sul pianeta senza possibilità di un immediato ritorno a casa. Jack tenta di abituarsi alla sua nuova vita mentre il resto della squadra cerca disperatamente di trovare un modo per riportarlo a casa.
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Quando i Tollan rifiutano di condividere la loro tecnologia, nonostante l'SG-1 li abbia salvati da un attacco Goa'uld, Jack perde le staffe e ruba un macchinario da portare all'SGC per farlo esaminare. Una volta scoperto l'accaduto, Hammond offre a O'Neill l'opportunità di scegliere tra la Corte Marziale o le dimissioni. Jack lascia l'SGC e viene contattato dal Colonnello Maybourne che lo invita a far parte di un'operazione segreta. L'obiettivo del progetto è acquisire tecnologia aliena con o senza il permesso dei proprietari.
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L'SG-1 arriva su un pianeta attraverso uno Stargate che è stato appena dissotterrato dopo migliaia di anni. Gli abitanti del posto sono coinvolti in una guerra religiosa che va avanti da decenni: una fazione è fermamente convinta che la vita si sia sviluppata sul loro pianeta, mentre l'altra crede che i primi umani siano arrivati attraverso un 'portale'. L'arrivo dell'SG-1 non fa che complicare la disputa e mentre Jack, Sam e Daniel vengono catturati e accusati di essere spie, Teal'c riesce a scappare, ma perde la vista in seguito a una ferita.
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L'SG-1 scopre finalmente l'indirizzo Stargate per raggiungere Kheb. Insieme a Bra'tac arrivano sul pianeta in cerca del figlio di Amonet e Apophis.
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Mentre stanno esplorando un nuovo mondo, la squadra scopre una gigantesca piramida che contiene una piattaforma che si affaccia su un abisso. Sulla piattaforma è posto un teschio di cristallo rosa e dopo averlo osservato da vicino, Daniel sparisce. L'SG-1 torna sulla Terra credendo che il teschio sia una qualche forma di teletrasporto e cercano un modo per scoprire che fine ha fatto il dott. Jackson. L'unico indizio è rappresentato da un altro teschio scoperto sulla Terra dal nonno di Daniel molti anni prima.
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Daniel è a riposo dopo aver subito un'appendicectomia, il resto della squadra è in vacanza. Mentre sta raccontando a Sam i suoi progetti per la settimana, Jack viene trasportato a bordo dell'astronave di Thor, dove l'alieno lo informa sulla minaccia che sta devastando la galassia degli Asgard : i replicanti Thor chiede ai suoi amici umani di aiutare la sua gente a sconfiggere il nuovo nemico.
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