La seconda stagione della serie televisiva Stargate SG-1 (2), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 26 Giugno 1998 al 12 Marzo 1999. Disponibile in Italia.
Trama di Stargate SG-1 2. L'SG-1 riesce a distruggere le navi piramidi di Apophis e Klorel, pronte a lanciare un attacco micidiale alla Terra. In seguito alla brillante vittoria, il progetto SGC viene riaperto e la squadra continua le sue missioni esplorative. Durante i loro viaggi, l'SG-1 viene a contatto con i Tok'ra, una fazione Goa'uld che si oppone alla violenza dei Signori del Sistema. Il padre di Sam si offre volontario come ospite di uno dei Tok'ra più anziani e grazie a questa simbiosi i Terrestri formano una fruttuosa alleanza. Daniel torna su Abydos per mantere la promessa fatta a Kasuf e scopre che sua moglie è incinta, prossima al parto e che Apophis intende usare il bambino come nuovo ospite per se stesso. Jack riesce ad accedere a una nuova rete di indirizzi stargate dopo che il suo cervello riceve un 'upgrade' accidentale, e incontra Thor, un membro della razza Asgard, alieni notevolmente avanzati temuti dai Goa'uld. Apophis è sopravvissuto all'esplosione della sua astronave e chiede asilo all'SG-1 per sfuggire dalle grinfie di un vecchio e pericoloso nemico: Sokar.
L'SG-1 si trova ancora a bordo dell'astronave di Klorel in viaggio verso la Terra per lanciare un attacco su larga scala contro i Terrestri. O'Neil e gli altri s'imbattono in Bra'tac, maestro di Teal'c e capo di un gruppo di Jaffa ribelli che lavorano nell'ombra per sabotare i Signori del Sistema. Con il suo aiuto riescono a disarmare l'astronave di Apophis e quella di Klorel, ma durante uno scontro a fuoco Daniel è ferito mortalmente...
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L'SG-1 si trova sotto il fuoco nemico durante un'operazione di salvataggio, un attimo prima di passare attraverso lo Stargate Sam viene aggredita da un Goa'uld che si insedia nel suo organismo. Una volta scoperto l'accaduto, Carter viene messa sotto sorveglianza, ma il Goa'uld sostiene di essere un Tok'ra, un membro della resistenza che si oppone ai Signori del Sistema.
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Durante una missione esplorativa su un pianeta, l'SG-1 soccorre un uomo che si rivela essere un fuggiasco accusato di omicidio. La squadra viene accusata di favoreggiamento e condannata senza possibilità di spiegazioni. Jack, Sam, Daniel e Teal'c vengono inviati attraverso lo Stargate a Hadante, un pianeta utilizzato come colonia penale dove vige la legge del più forte. Nel frattempo Hammond cerca di risolvere la situazione attraverso vie diplomatiche.
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L'SG-1 arriva su P7J-989 dove scopre un meraviglioso giardino e un luogo pieno di misteriose strutture metalliche, ognuna contenente una persona in stato di incoscienza. Avvicinandosi alle camere per esaminarle, i membri della squadra vengono intrappolati e neutralizzati.
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Daniel cade vittima del fascino di una splendida principessa che lo irretisce facendolo diventare dipendente dagli effetti di un sarcofago Goa'uld. Mentre Jackson vive in un delirio di onnipotenza, Jack, Teal'c e Sam sono costretti in schiavitù nelle miniere.
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L'SG-1 riceve una chiamata di soccorso da Cimmeria, attaccata dai Goau'ld, ormai liberi di invadere il pianeta dopo che il Martello di Thor è stato distrutto. Mentre Jack e Teal'c danno una mano a organizzare le difese, Daniel e Sam vanno in cerca di una misteriosa camera segreta dove è possibile contattare Thor.
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Su un pianeta disabitato e privo di atmosfera, l'SG-1 recupera una sfera che emette un impulso elettromagnetico. La squadra porta l'ogetto all'SGC per esaminarlo, ma durante le analisi la sfera attiva dei micidiali sistemi difensivi.
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Bra'tac arriva all'SGC portando cattive notizie: Rya'c, il figlio adolescente di Teal'c, è stato rapito da Apophis che è sopravvissuto alla distruzione della sua astronave. Jack organizza una missione di salvataggio ma una volta su Chulak le cose si complicano ulteriormente. Drey'auc, convinta che suo marito fosse morto, si è risposata con Fro'tak un vecchio amico di Teal'c, inoltre Apophis ha sottoposto Rya'c a un lavaggio del cervello e il ragazzo denuncia suo padre come traditore. Teal'c vuole portare suo figlio all'SGC, Jack acconsente ma è convinto che Apophis stia usando Rya'c per attaccare l'SGC.
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Daniel e Teal'c si recano ad Abydos per mantenere la promessa fatta da Jackson a suo suocero, Kasuf. Arrivati sul pianeta, Daniel scopre che sua moglie sta per dare alla luce un bambino che Apophis intende usare come ospite.
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Durante una missione di ricognizione su BP6-3Q1, Teal'c viene punto da un insetto alieno e si ammala gravemente. Il suo simbionte non riesce ad opporsi all'infezione che sta causando una mutazione genetica dell'organismo del Jaffa.
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In seguito a un sogno in cui si vede con il volto di Jolinar di Malkshur, Carter ottiene l'indirizzo di quella che potrebbe essere una base segreta dei Tok'ra. Mentre l'SG-1 parte in missione, Jacob il padre di Sam, scopre di avere il cancro.
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I Tok'ra non intendono accettare la richiesta dei Terrestri di formare un'alleanza, convinti di non avere niente da guadagnare. Uno dei Tok'ra più saggi, Selmak, ha bisogno di un nuovo ospite e Carter suggerisce suo padre come possibile candidato.
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L'SG-11 non è tornata dalla sua missione su PXY 887, dove è stato scoperto un prezioso minerale, il Trinium. O'Neil è infortunato e Carter assume il comando dell'SG-1 per scoprire cos'è successo all'altra squadra.
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L'SG-1 torna su PX7-941, o Madrona come viene chiamato dagli abitanti del pianeta, per studiare gli effetti e la tecnologia di un manufatto che governa le condizioni climatiche dell'atmosfera. Una volta arrivati si trovano nel bel mezzo di un uragano e scoprono che un gruppo di uomini vestiti con l'uniforme dell'SGC è venuto attraverso lo Stargate e ha rubato il congegno. Tornati alla base il team indaga sul mistero e scopre un'organizzazione governativa segreta che usa il secondo Stargate per rubare la tecnologia di altri pianeti.
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Mentre sono sul pianeta P3R-272, l'SG-1 s'imbatte in un antico macchinario che 'scarica' un enorme mole di dati nel cervello di Jack. Tornato all'SGC, Jack comincia a comportarsi in modo strano e a costruire un congegno che gli da' l'accesso a un'altra rete di Stargate. Dopo aver attivato lo Stargate sulle nuove coordinate, Jack fa la conoscenza degli Asgard, una razza aliena tecnologicamente molto avanzata.
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L'SG-10 si trova su un pianeta il cui sole si è appena trasformato in un buco nero. Il tunnel di energia collegato allo Stargate terrestre non riesce a disattivarsi e minaccia di distruggere l'SGC e l'intero pianeta.
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L'SG-1 s'imbatte in un ex nemico dei Goa'uld, Ma'chello. Inconsapevoli delle sue intenzioni, cadono vittima di una prodigiosa invenzione capace di effettuare uno scambio di corpi. Ma'chello s'impossessa del corpo di Daniel, mentre il giovane archeologo si ritrova intrappolato nel corpo morente dell'alieno.
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Braccato dai Signori del Sistema, Apophis chiede asilo all'SG-1. Nonostante sia un acerrimo nemico, l'SGC accoglie Apophis che mostra evidenti segni di tortura. Il Goa'uld sta morendo e racconta di essere stato catturato da un antico e malefico Goa'uld di nome Sokar. Sokar minaccia di distruggere l'SGC se il prigioniero non viene restituito.
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Durante un'ordinaria missione di ricognizione, l'UAV si schianta su una pianta simile a un cactus. Mandata a recuperare l'aereo, l'SG-1 scopre che i pacifici abitanti del pianeta si sono ammalati e presto la piaga si diffonde a tutto il villaggio, minacciando di sterminare l'intera popolazione.
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Un bambino arriva attraverso lo Stargate e annuncia di essere in compagnia di sua madre, un membro di una razza invisibile chiamata Reetou. I Goa'uld hanno distrutto il loro pianeta d'origine, Reetalia, e ora i Reetou intendono uccidere tutti gli essere umani nella Galassia per impedire ai Goa'uld di usarli come ospiti.
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L'SG-1 parte per una missione ma a causa di un malfunzionamento dello Stargate, dovuto a un'eruzione solare, si ritrovano catapultati nel passato, nel 1969. Catturati dai militari con l'accusa di spionaggio, il team riceve l'aiuto del giovane Tenente Hammond che perquisendo la divisa di Carter, trova un messaggio scritto dal Generale Hammond del futuro diretto a se stesso.
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Il Colonnello O'Neil si risveglia da una sospensione criogenica e scopre di essere nel futuro. Jack viene informato che tutti gli altri membri dell'SG-1 sono morti e che lui è l'unico a sapere cosa è successo durante l'ultima missione. Gli scienziati lo collegano a un macchinario in grado di visualizzare i ricordi sepolti nella memoria e cercano possibili indizi su cosa è accaduto e su possibili alleati per sconfiggere i Goa'uld.
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