Il co-creatore di X-Men, Stan Lee, e lo sceneggiatore del fumetto, Chris Claremont, appaiono nella scena iniziale di X-Men - Conflitto finale, come vicini di casa di Jean Gray nella scena in cui le auto, l'acqua ed il tagliaerba iniziano a fluttuare nell'aria.
I due celebri scrittori sono accreditati rispettivamente come "uomo col tubo dell'acqua" e "uomo col tosaerba". X-Men: Conflitto Finale si ispira alla Saga di Fenice Nera, The Dark Phoenix Saga, di Chris Claremont e John Byrne e alla saga Talenti di Joss Whedon e John Cassaday.
Il sergente che dirige i preparativi difensivi prima che la Fratellanza assalti Alcatraz, invece, è R. Lee Ermey: l'attore, un vero ufficiale della marina statunitense, era noto per aver interpretato alla perfezione, per gran parte della sua carriera, una serie di personaggi di questo tipo, come ad esempio il sergente Hartman in Full Metal Jacket.
Bryan Singer, regista dei primi due capitoli del franchise di X-Men, decise di non tornare alla regia per dedicarsi a Superman Returns. Anche Matthew Vaughn lasciò il progetto a causa di problemi personali ed in seguito fu sostituito da Brett Ratner. X-Men - Conflitto finale è una delle pellicole più costose mai realizzate con un budget pari a 210 milioni di dollari.