In un'intervista del 2009 Bryan Singer ha ammesso di aver riflettuto a lungo a proposito di alcune scelte relative alla sua carriera e di essersi rammaricato di non aver diretto X-Men - Conflitto finale; oggi il regista non ha dubbi: l'avrebbe sicuramente scelto al posto di Superman Returns.
Sempre durante la stessa intervista il regista ha confessato di essersi reso conto di quello che ora considera il più grande errore della sua carriera fin da subito: "Ho capito di aver commesso un terribile errore prima di vedere X-Men: Conflitto Finale, durante la visione e dopo averlo visto."
Singer aveva sviluppato una possibile storia per il film insieme agli sceneggiatori Dan Harris e Michael Dougherty. Quest'ultimo, anni dopo l'uscita del film, ha dichiarato: "L'idea era di iniziare il film al Lago Alkali completamente prosciugato, e dal quale provenivano segnalazioni di strani fenomeni e bagliori nel cielo. Gli X-Men e la Confraternita si rendevano conto che una forza quasi divina era entrata nella loro realtà, e che stava causando degli sconvolgimenti in giro per il mondo."
"Si scopriva che la Fenice stava andando in giro per il mondo a risolvere le storture per conto proprio. Si sentiva superiore al conflitto, e sentiva di poter risolvere le cose alla propria maniera; era stanca delle divisioni e dei combattimenti, voleva prendere il controllo della situazione ignorando quello che gli X-Men o la Confraternita avevano da dire." Ha concluso Dougherty.