La terza stagione della serie televisiva Warehouse 13 (3), composta da 13 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 11 Luglio 2011 al 6 Dicembre 2011. Disponibile in Italia dal 7 Febbraio 2012 al 13 Marzo 2012.
Pete cerca di abituarsi ad un nuovo partner mentre indaga una serie di bizzarre morti ad Denver. Le ultime parole delle vittime conducono gli agenti ad un vecchio amico. Intanto Artie e Claudia cercano di fermare una tempesta di fulmini nel Magazzino.
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Pete e Myka cercando di trovare un artefatto capace di far perdere la testa alle sue vittime... letteralmente. Intanto Steve e Claudia vanno a Boston per trovare il coltello di Typhod Mary, che può trasferire malattie e ferite da una persona all'altra.
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Artie e Claudia si uniscono con la dottoressa Vanessa Calder ed Hugo Miller per occuparsi di un artefatto che ha creato un virus per computer che trasforma le persone in argilla. Intant Pete e Myka si risvegliano nel Magazzino, nudi e senza memoria della notte passata insieme, così cercando di ripercorrere i loro passi e scoprire cosa è accaduto a Steve.
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L'ex moglie di Pete, Amanda, gli fa una visita per dirgli che si sta per risposare e inavvertitamente tocca un manufatto che trasforma tutti quelli intorno a lei in schiavi fedeli.
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Pete e Myka sono costretti a lavorare fianco a fianco con Helena per avere notizie di un manufatto in cui lei si è imbattuta nella Londra del secolo scorso.
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Gli agenti e Claudia lavorano con Douglas Fargo per liberare dei giocatori intrappolati in una realtà virtuale.
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Pete aiuta Myka a catturare un pericoloso killer, l'uomo che ha ucciso il suo precedente partner. Nel frattempo Artie, Claudia e Steve interrogano un cane che è un testimone prezioso.
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Un'organizzazione misteriosa lancia un attacco sui Reggenti delle Warehouse, intrappolandoli in un grattacielo. Myka e Artie cercano di salvarli mentre Pete e Claudia scoprono il manufatto responsabile.
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Claudia e Myka indagano sul caso di una donna che può disintegrare tutti quelli che la fanno arrabbiare. Pete e sua madre affrontano una dolorosa riunione.
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Myka e Pete sono alle prese con una piaga di zombie causata da un manufatto.
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Sykes rivela il suo piano di vendetta sui Reggenti e riesce a mettere le mani sul Braccialetto di Collodi, un piano che costerà a uno degli agenti la sua vita.
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Pete e Myka sono alla ricerca di una Warehouse segreta e dimenticata mentre i piani di Sykes si avvicinano sempre di più alla loro terribile conclusione.
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Pete attiva un manufatto per sbaglio e crea una realtà alternativa dove lui non è mai esistito. Per rimettere le cose a posto Pete deve rintracciare i suoi amici che però non hanno idea di chi lui sia.
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