La terza stagione della serie televisiva The 4400 (3), composta da 12 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 11 Giugno 2006 al 27 Agosto 2006. Disponibile in Italia.
Trama di The 4400 3. In questa terza stagione verrà rivelata l'esistenza di un gruppo terroristico all'interno del 4400 chiamato Nova Group, che tenta di uccidere chiunque sappia qualcosa sulla Promicina. Verranno analizzati personaggi con poteri devastanti . Isabelle subisce un cambiamento radicale nella sua persona, invecchiando istantaneamente di diversi anni e la madre Lily avrà le stesse conseguenze. Nel frattempo la piccola Maia e altri bambini verranno rapiti dagli uomini del futuro per riportarli al loro passato ed evitare così la catastrofe.
Ryland viene interrogato e durante il colloquio viene emesso un fastidioso fischio, subito dopo questo evento misterioso il suo avvocato gli si rivolta contro. Diana e Tom cercano TJ Kim che pensano possa avere un collegamento con quello accaduto al processo. Lily intanto soffre di un inspiegabile e misterioso invecchiamento rapido. Isabelle è sconvolta per quello che sta succedendo alla madre e sentendosi responsabile cerca di suicidarsi, credendo che così facendo possa far tornare la madre giovane. Ma il tentativo fallisce scoprendosi invulnerabile. Matthew ha visto tutto e ricorda ad Isabelle la sua importanza per salvare l'umanità. Tom e Diana scoprono l'esistenza di un gruppo terrorista all'interno dei 4400: il Nova Group.
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Un misterioso individuo, Boyd Christopher riesce a manipolare la mente delle persone, trasformandosi in chiunque lui voglia. Riesce perciò a far credere di essere Tom Baldwin e introducendosi nella prigione dove è rinchiusa TJ Kim, la uccide. Viene quindi ricercato dalla polizia l'incolpevole Tom.
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Una ragazza di nome Sara Rutledge si confida con Maia e le dice di essere sua sorella, nata dopo la sua scomparsa. La piccola le crede e ottenuta la sua fiducia Sara la rapisce. Si scopre che Sara è in realtà un agente del futuro mandata x rapire i bambini dei 4400 per riportarli indietro nel tempo al loro passato. Il Nova Group minaccia Shawn e indurrà Matthew ad aumentare la sicurezza.
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Diana e Tom iniziano a ricordare Maia e si mettono sulle sue tracce. Diana, disperata per la perdita, si crea una realtà alternativa per poter stare con lei. Matthew si mette in contatto con gli uomini del futuro per restituire Maia e gli altri bambini. Ma c'è una condizione alla quale dovrà sottostare: uccidere Isabelle.
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Shawn viene attaccato psicologicamente dal Nova Group e verrà portato a farsi del male e ad essere un pericolo per gli altri. Shawn verrà rinchiuso in un ospedale psichiatrico per la sua salute. Isabelle decide, contro il volere di Matthew, di trovare il responsabile di questo attacco psichico: Daniel Armand.
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Tom e Diana cercano di catturare Gary Navarro, un terrorista del Nova Group, ma raggiunta la sua abitazione scoprono che è vuota. Gary è riuscito a fuggire prima del loro arrivo. Iniziano quindi a sospettare che all'interno del loro gruppo ci sia un informatore.
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Uno dei 4400 fa sgorgare dalla sue mani una strana sostanza che droga Tom e Diana lasciandoli in uno stato di allucinazione. I due agenti dovranno fare i conti con il loro passato. La sostanza infatti riesce a portare alla luce tutti i ricordi lasciati in sospeso.
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Gli agenti dell'Haspelcorp riescono a catturare Kevin Burkoff, un uomo che sta effettuando delle ricerche sul Promicin. Quando uno degli agenti gli spara, scopriranno che Kevin può autorigenerarsi e questi scappa.
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Shawn e Isabelle riescono a coronare il loro sogno e si sposano. Uno dei 4400 come regalo dona a Shawn la possibilità di vedere come sarà il loro futuro insieme.
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Shawn è costretto a ritardare il matrimonio con Isabelle dopo il ritorno di un misterioso individuo: Jordan Collier che viene a fargli visita, ma sparirà subito dopo.
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Shawn, Tom e Diana si mettono alla ricerca di Jordan. Si recano in una vecchia casa dove Jordan pare abbia trascorso del tempo e qui trovano un giornale, che una volta analizzato si scopre venire dal futuro.
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Il giornale ritrovato dai 3 agenti rivela uno scenario apocalittico e cercheranno di fermare il diabolico piano di Jordan. Intanto Kyle, il figlio di Tom, una volta in libertà avrà problemi di reinserimento nella società e decide di raccontare la sua storia a chiunque. Diana deciderà di partire con Ben e Maia.
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