La seconda stagione della serie televisiva Star Trek: Enterprise (2), composta da 26 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 18 Settembre 2002 al 21 Maggio 2003. Disponibile in Italia.
Trama di Star Trek: Enterprise 2. Il Capitano Archer e Daniels riescono a ristabilire la linea temporale e a salvare l'equipaggio dalla mani dei Sulibani. L'Enterprise riprende la sua missione esplorativa, incontrando nuove civiltà, spesso accorrendo in soccorso di popoli in difficoltà. Purtroppo non tutte le razze aliene vedono di buon occhio le gesta degli umani e infatti l'Impero Klingon accusa Archer di cospirazione ai danni dell'Impero. Non contenti del fatto che Jonathan riesce a sfuggirgli tra le dita, ingaggiano un cacciatore di taglie Tellarita per catturarlo.T'Pol continua a servire come ufficiale scientifico a bordo della nave e il rapporto con i suoi colleghi diventa sempre più saldo e la sua lealtà nei confronti del Capitano e dell'intero equipaggio è dimostrata in più di un occasione. Purtroppo in seguito alla fusione mentale subita l'anno precedente, ha contratto una malattia neurale per la quale non c'è cura. L'Ambasciatore Soval comincia finalmente a rendersi conto che Archer è una persona degna di rispetto, specie quando il suo intervento si dimostra essenziale per risolvere la cruenta faida con gli Andoriani. Una nuova minaccia incombe sul pianeta Terra: una razza nota come Xindi ha lanciato un attacco mortale che è costato la vita a milioni di persone. Grazie all'aiuto di Silik, Archer scopre che la sonda esplosiva è stata soltanto una prova e che gli Xindi hanno intenzione di sterminare l'intera umanità.
Il Capitano Archer e Daniels viaggiano indietro nel tempo fino al 22esimo secolo per fare in modo che il corso della storia non venga alterato. Purtroppo il passato non è esattamente quello che si aspettano. Nel frattempo nel presente, i Sulibani hanno preso possesso della nave per cercare Archer e Daniels, ma Reed, Trip e T'Pol organizzano un piano per riprendere il controllo dell'Enterprise.
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Mentre si trovano a cena, Archer e Trip chiedono a T'Pol come mai si è recata in visita a Carbon Creek, una città mineraria della Pennsylvania. T'Pol racconta la storia della sua bisnonna, T'Mir, che precipitò sulla Terra con altri due vulcaniani nel 1957. Non sapendo con sicurezza quando i soccorsi sarebbero giunti, i tre cercarono di ambientarsi nella comunità senza infrangere la prima direttiva.
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Mentre si accinge ad esplorare un nuovo pianeta, l'Enterprise entra in un campo minato. Una delle bombe esplode, causando dei danni, mentre un'altra mina si è attaccata a un pannello dello scafo. Mentre Reed sta tentando di disarmarla, la mina espelle un'asta metallica che trapassa la gamba di Malcom, inchiodandolo alla superficie del vascello. Mentre Archer accorre in aiuto di Malcom, Travis prende i comandi manuali per pilotare la nave attraverso il campo minato. A peggiorare la situazione arriva un vascello alieno che ordina all'Enterprise di lasciare immediatamente la zona, che fa parte dell'Impero Romulano.
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In seguito ai danni riportati nel campo minato Romulano, Archer è costretto a emettere un segnale di soccorso. Una risposta gli guida fino a una stazione automatizzata dove le riparazioni cominciano immediatamente. Il computer che gestisce la stazione richiede in cambio delle forniture tecniche, ma in realtà il prezzo da pagare è molto più alto...
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Il cane del Capitano Archer, Porthos, si ammala per via di un virus mortale dopo essere sceso sulla superficie di un pianeta alieno. Il Dottor Phlox cerca di fare il possibile per salvare la bestiola e al tempo stesso per calmare il Capitano che trascorre tutta la notte in infermeria a vegliare sul suo amico a quattro zampe.
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L'Enterprise è a secco di carburante e si ferma presso una miniera di deuterio per fare rifornimento. L'equipaggio scopre che la colonia è controllata da un gruppo di criminali Klingon che fanno razzie delle provviste a proprio piacimento. Archer da una mano ai coloni per far fronte a questo abuso e liberarsi una volta per tutte dei Klingon.
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T'Pol viene contattata dal'Alto Consiglio di Vulcan e incaricata di catturare un fuggiasco. T'Pol chiede l'assistenza del Capitano Archer e insieme a Travis si recano su un pianeta di ghiaccio. Le cose si complicano quando T'Pol comincia ad avere dei flashback del passato che le fanno capire che forse i suoi ricordi sono stati manipolati.
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Dopo una missione esplorativa sotto copertura, Archer e Reed sono costretti a ritornare sul pianeta, abitato da una civiltà pre-warp, per recuperare un comunicatore disperso, al fine di evitare un inquinamento tecnologico. Purtroppo la popolazione è sull'orlo di una guerra e cattura i due esploratori scambiandoli per spie.
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Mentre stanno studiando un buco nero in un sistema solare, il fenomeno sembra causare strani effetti sull'equipaggio che diventa ossessionato dalle attività in cui è impegnati: il Capitano scrive una logorroica introduzione alla biografia di suo padre, Trip trascura i suoi preziosi motori per cambiare la poltrona del Capitano, Hoshi si perde tra i fornelli della cucina dopo essersi offerta di sostituire il cuoco e Phlox sta per aprire il cranio di Travis affetto da un banale mal di testa. L'unica a non avere disturbi è T'Pol che cerca di prendere il controllo della situazione.
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Hoshi fa la sua prima esperienza con il teletrasporto, ma una volta a bordo delle stranezze la convincono che le sue cellule non sono state riassemblate correttamente.
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Trip si reca a bordo di un nave cargo aliena per riparare una capsula nella quale si trova in stasi una bellissima donna. In seguito al guasto la donna si risveglia e Trip scopre che non è una passeggera, bensì una diplomatica rapita per ottenere un riscatto. I due scappano usando un bozzolo di salvataggio e atterrano su un pianeta paludoso e disabitato.
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Una tempesta neutronica letale a ogni forma di vita sta per investire l'Enterprise. L'equipaggio viene messo in allerta da un piccolo vascello alieno che chiede asilo a bordo della nave per ripararsi dalle radiazioni letali. L'unico posto sicuro per sopravvivere è rappresentato dalle gondole di curvatura, schermate per qualsiasi tipo di radiazione. L'equipaggio della Flotta e gli alieni si rifugiano nelle anguste passerelle, aspettando che la tempesta passi, ma gli alieni non sono quello che dicono di essere...
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Durante una missione con la Navetta 1, Trip viene attaccato da un alieno ferocemente territoriale e costretto ad atterrare sul lato oscuro di una luna. Mentre cerca di mettersi in contatto con l'Enterprise, scopre che anche il suo aggressore è stato costretto a un atterraggio di fortuna. I due si trovano in una situazione difficile, complicata da una totale mancanza di fiducia e dal sole che sta sorgendo e che rischia di bruciarli vivi.
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L'Enterprise è in orbita presso un pianeta dove si tiene una Conferenza Interplanetaria di Medicina. Phlox si rivolge ai suoi colleghi per ottenere aiuto per una malattia terminale che T'Pol ha contratto. Purtroppo i Vulcaniani si rifiutano di prestare aiuto per via dei pregiudizi legati alle modalità di trasmissione del virus.
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I Vulcaniani e gli Andoriani sono coinvolti nell'ennesimo conflitto per reclamare i diritti su un piccolo pianeta. I Vulcaniani si dicono disposti a cominciare una trattativa di pace, tuttavia Shran, della Guardia Imperiale è convinto che soltanto il Capitano Archer è degno di fiducia e richiede la sua presenza per fare da mediatore. Mentre Archer, T'Pol e Soval si recano sul pianeta per intavolare la mediazione, Trip è al comando dell'Enterprise e si ritrova in una situazione ad alto rischio.
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L'Enterprise s'imbatte in un piccolo vascello alla deriva nello spazio e al suo interno scoprono il cadavere di un essere umano. Mentre stanno esaminando il misterioso relitto, i Sulibani e i Tolliani intercettano l'Enterprise reclamando diritti di possesso sulla navicella ritrovata.
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Archer e Trip vengono arrestati per sbaglio e mandati in una colonia penale di nome Canamar. Mentre T'Pol cerca di risolvere il disguido, sul trasporto di sicurezza uno dei prigionieri si libera prendendo possesso della nave, coinvolgendo il Capitano e Tucker.
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L'equipaggio dell'Enterprise viene in contatto con un'enorme astronave aliena comandata da entità incorporee. Gli alieni prendono possesso di gran parte dell'equipaggio, ansiosi di poter avere di nuovo una forma organica, e per liberare i suoi uomini Archer è costretto a prendere drastiche misure.
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Il Capitano Archer è sotto accusa per aver cospirato ai danni dell'Impero Klingon. Purtroppo non c'è altro modo per evitare il processo e Archer è costretto ad affidarsi ad un avvocato difensore Klingon disilluso e disinteressato. Con il rischio di venire condannato ai lavori forzati sul pianeta-prigione Rura Penthe, Archer cerca di scuotere il suo avvocato dal torpore che lo avvolge.
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Travis è in licenza e ne approfitta per fare una visita alla famiglia, che viaggia su una nave cargo, la Horizon. Mentre si trova a bordo, il vascello viene attaccato dai pirati e nonostante Travis metta a disposizione la sua esperienza con la Flotta, suo fratello, il Capitano della Horizon, non accetta i buoni consigli per via del risentimento accumulato nei confronti di suo fratello.
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L'Enterprise riceve l'incarico di portare in superficie un gruppo di geologi Denobulani che stanno studiando le grotte sotterranee di un pianeta che è stato appena conquistato dalla milizia. Trip e Malcom si recano nel sottosuolo per avvertire gli scienziati. Nel frattempo Phlox è alle prese con un paziente Antarano che rifiuta di farsi curare dal Dottore a causa di un odio razziale tra le due civiltà che dura da generazioni.
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L'Enterprise incontra una nuova razza aliena i Vissiani, una specie caratterizzata da tre tipi di genere, maschio, femmina e un terzo tipo chiamato Cogenitore che è indispensabile per la riproduzione. Trip fa amicizia con un Congenitore e scopre che le persone del suo sesso non godono di molto rispetto, anzi sono trattati quasi come alla stregua di oggetti. Convinto di agire per il meglio, Tucker incita il nuovo amico a farsi rispettare, ma le sue azioni non avranno l'esito sperato.
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Una squadra di ricerca fa una scoperta sensazionale tra i ghiacci della regione artica della Terra: due corpi cibernetici congelati e una nave spaziale aliena. Il team di scienziati sottopone gli umanoidi ad un esame più approfondito, ma inaspettatamente gli alieni si rianimano prendendo il controllo della navetta e dirigendosi verso lo spazio. L'Enterprise riceve l'ordine di intercettarli, ma la missione si rileva essere più rischiosa e pericolosa del previsto.
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Archer riceve la notizia che un suo vecchio amico, A.G. Robinson è passato a miglior vita. Mentre si trova a bordo di una navetta con T'Pol per effettuare dei rilevamenti in una nebulosa di materia oscura, Jonathan racconta a T'Pol di quando lui e Robinson erano in competizione per ottenere il privilegio di pilotare il prototipo della prima nave a curvatura 2.
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Il Capitano viene rapito da un cacciatore di taglie Tellarita e scopre che i Klingon hanno messo una taglia sulla sua testa. L'Enterprise è alla ricerca di Archer, ma gli ufficiali hanno altre gatte da pelare: un virus alieno ha infettato T'Pol facendola entrare prematuramente nel Pon Farr, la fase vulcaniana dell'accoppiamento.
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Una razza aliena ha lanciato un attacco sulla Terra, causando milioni di vittime. Richiamata alla Base, l'Enterprise si dirige verso la Terra; durante il viaggio di ritorno, Archer viene contattato da Silik e scopre che la sonda esplosiva è stata soltanto una prova generale per un piano ancora più terribile: la completa distruzione del pianeta.
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