La terza stagione della serie televisiva Squadra antimafia (3), composta da 10 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 8 Aprile 2011 al 10 Giugno 2011. Disponibile in Italia dal 8 Aprile 2011 al 10 Giugno 2011.
Trama di Squadra antimafia 3. Sono passati otto mesi dalla morte di Ivan Di Meo e dalla fuga della boss mafiosa Rosy Abate da Palermo, ma Claudia Mares, capo della squadra Duomo, sta continuando a darle la caccia. Finalmente le sue ricerche danno qualche frutto. In uno specchio di mare antistante Palermo, Claudia Mares ha scoperto il relitto inabissato di una carretta del mare che contiene alcuni fusti di liquidi tossici e il cadavere di un mafioso. Era l'ultimo uomo rimasto fedele a Rosy e, attraverso le tracce che l'uomo ha lasciato, Claudia scopre dove si nasconde la mafiosa: nella villa di Bogotà di Vincent Truebla, insospettabile re del narcotraffico sudamericano. Rosy, dopo la fuga, è diventata infatti l'amante di Vincent e ha anche dato alla luce un bimbo, Leonardo. Ma mentre Claudia, coadiuvata dal nuovo vicecapo della sua squadra Domenico Calcaterra e dal Giudice Antonucci si muove con una squadra della Dea per catturarla, Rosy fugge con suo figlio, riuscendo a tornare a Palermo, in grande segreto. Aiutata da un vecchio amico del padre, il Puparo Rosy mette in piedi una nuova famiglia, con un gruppo di fuoco comandato dallo spietato Vito Portanova, leader di un gruppo di camorristi "perdenti" nella guerra contro i Casalesi. Rosy ha un nuovo obiettivo in mente: diventare la regina incontrastata dello smaltimento illegale dei rifiuti, un business che frutta miliardi di euro alla mafia. E per fare questo dovrà eliminare le famiglie avversarie e avvalersi dell'aiuto di una vecchia conoscenza, l'ex agente dei servizi segreti deviati, Filippo De Silva, al momento rinchiuso in un carcere di massima sicurezza, ma pericoloso come non mai e che ha in mente un piano mostruoso per favorire l'ascesa di Rosy. A Claudia e alla sua squadra composta da Fiamma Rigosi, Luca Serino e Sandro Pietrangeli, nonché dal nuovo arrivato Calcaterra, il compito di fermarli.
In seguito alle vicende precedenti, Claudia è stata sospesa dal servizio attivo, ma sta continuando le indagini su Rosy per conto suo. Rosy intanto è in Colombia e sta per dare alla luce il figlio di un pericoloso trafficante di droga, Vincent Truebla, che però sembra stia manovrando alle spalle della sua amata.
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Claudia si sente perseguitata da Rosy, una sensazione che si rafforza dopo che il suo informatore, Stefano Santamaria, viene ritrovato morto nel suo letto. Rosy intanto ha dato ordine di uccidere dei nomi importanti del caln Manzella, scatenando una nuova faida, un progetto che ha il fine ultimo di usiare dei terreni per lo scarico di rifiuti tossici.
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Con l'opportunità di eliminare Claudia sottomano, Rosy viene convinta da De Silva a evitare l'omicidio e ad impiegare altri mezzi per distruggere Claudia. Calcaterra, con l'aiuto di Claudia ha scoperto il deposito di rifiuti chimici e dopo aver rintracciato Portanova, riescono a sequestrare i terreni. Il figlio di Rosy è malato, ma dalle analisi del sangue si scopre che non è Vincent suo padre bensì Ivan Di Matteo, un'informazione che Rosy pensa di usare per umiliare ulteriormente Claudia.
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Il processo contro Rosy Abate è iniziato e Claudia, nonostante la rovina della sua carriera, è il testimone principale. Durante il procedimento, Rosy compare improvvisamente, su consiglio di De Silva, per farsi arrestare e al momento opportuno presentare delle prove contro Claudia con l'aiuto dell'avvocato Monreale. Intanto Calcaterra ha rintracciato il Puparo e con l'aiuto di Sandro e Fiamma lo arresta nel tentativo di farlo testimoniare contro Rosy. La situazione peggiora notevolmente con la morte di Fiamma e l'ordine di cattura nei confronti di Claudia, che determinata a evitare la galera, fugge sotto gli occhi di Calcaterra.
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Claudia è in fuga e si rivolge all'unica persona di cui si può fidare, Antonucci, ma per salvare la sua posizione l'ex collega avverte la Duomo. Sfugge per un soffio a Luca e Sandro, i quali sono convinti che ci sia un'altra talpa all'interno del gruppo che ha causato l'agguato dove Fiamma ha perso la vita. Rosy intanto è libera, ma non ha fatto i conti con Bianca Truebla.
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Claudia assiste a un incontro tra Rosy e la talpa, che si scopre essere proprio Antonucci. Claudia riesce a ottenere i nastri della sorveglianza che hanno ripreso l'incontro, una prova che può scagionarla dalle accuse che gravano contro di lei. Rosy capisce che è arrivato il momento di tagliare i rami secchi e ordina l'uccisione di Antonucci.
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Claudia viene rapita dagli uomini di Rosario Manzella e insieme mettono a punto una trappola ai danni di Rosy. La Regina di Palermo intanto, mette al sicuro suo figlio in una casa famiglia e riflette sul da farsi. Purtroppo le sue attività criminali ricadranno anche sul piccolo Leonardo.
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Claudia sta ancora lavorando sotto copertura con i gangster di Blanca Truebla. Juan è intenzionato a rapire il piccolo Leonardo. Nell'orfanotrofio dove è nascosto il bambino, Juan e Claudia fingono di essere una coppia che vuole adottare un bimbo, ma la situazione precipita e Claudia finisce come ostaggio nelle mani di Juan.
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Rosy è nelle mani di De Silva che vuole la lista. Claudia e Calcaterra trascorrono la notte insieme e decidono di fidanzarsi. Luca e Sandro piazzano un microfono nella stanza di un alleato di De Silva, che intanto ha perso la pazienza con Rosy dopo un suo tentativo di fuga e minaccia di brutalizzarla. Alla fine Rosy riesce a scappare e a ottenere la protezione della magistratura per lei e suo figlio in cambio di informazioni. Le due nemiche lavorano insieme per salvare la vita del piccolo Leonardo che è stato rapito da De Silva.
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Rosy e Claudia mettono in scena un finto rapimento di quest'ultima per salvare la vita di Leonardo che è nelle mani di De Silva. L'ex agente segreto però vuole la lista, che per il momento si trova nelle mani del Catanese. Dopo lo scontro finale, Rosy decide di collaborare con la giustizia e affidare Leonardo a Claudia e Calcaterra.
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L'appuntamento con la terza stagione della serie è per venerdì 8 aprile, in prima serata, su Canale 5.