La quarta stagione della serie televisiva Senza Traccia (4), composta da 24 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 29 Settembre 2005 al 18 Maggio 2006. Disponibile in Italia.
Martin e Danny stanno trasportando un prigioniero ma cadono nell'imboscata di Emil Dornvald, che riesce a uccidere il detenuto. Martin è ferito gravemente, mentre Danny è quasi illeso, ma assetato di vendetta per la sorte toccata al suo collega. Jack cerca di tenere a freno l'impetuosità di Danny e catturare Emil, un mercenario che ha già lavorato per il Generale Gamba. Le cose si complicano quando la Homeland Security s'inserisce nelle indagini e invia Victor Fitgerald e Tom Banes a interessarsi del caso.
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La squadra è alla ricerca di un teenager scomparso; il ragazzo è un paranoico ossessivo, fissato per la sicurezza della scuola, condizione aggravata dalla morte di un genitore e dall'aver assistito alla tragedia dell'11 Settembre. Nel frattempo Martin e Vivian tornano in ufficio ma Jack si sente iperprotettivo nei confronti del suo team e se la prende con Danny quando quest'ultimo si comporta in modo avventato durante un'azione.
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Elena Delgado, una nuova agente, si unisce alla squadra per cercare Dina Kingston, una prostituta scomparsa che di recente aveva tentato il suicidio. Martin fa fatica a rientrare nel ritmo del lavoro e si sente frustrato perchè convinto che i suoi colleghi lo trattino diversamente perchè provano pietà per lui.
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Sette anni fa il professor Thomas Beal conrfessò di aver ucciso la sua amante, una studentessa scomparsa e venne condannato nonostante non ci fosse un cadavere da esaminare. Lo zaino di Skye, la ragazza scomparsa, viene trovato in un negozio di pegni e il video della camera di sorveglianza mostra una ragazza che somiglia a Skye in modo straordinario. Jack decide di riaprire il caso, preoccupato che i suoi metodi investigativi hanno spinto Beal a confessare un crimine che non aveva commesso.
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Il team è alla ricerca di Wendy Kim, una ragazza Koreana scomparsa dopo aver rotto il fidanzamento con un Koreano caldamente raccomandato dai suoi genitori. Inoltre indagando si scopre che Wendy stava frequentando dei ragazzi conosciuti on-line e che era finita in un brutto giro.
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James Costa viene rapito mentre si trova in Messico con sua moglie in vacanza. Jack e Danny si recano sul posto dietro richiesta della suocera di James, ma tra le autorità Messicane e la reticenza della moglie, le indagini risultano alquanto difficoltose. Vivian, Sam, Martin ed Elena lavorano al caso dall'ufficio di New York, mentre Malone e Danny battono il terreno locale alla ricerca di indizi. Tuttavia la squadra comincia a sospettare che la moglie, Lucy, sia coinvolta e che sappia più di quanto dice.
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La squadra ha a che fare con un caso terribile: la morte di una bambina è collegata a un giro di pornografia infantile e gli indizi portano gli agenti a una corsa contro il tempo per liberare un'altra bambina rapita e tenuta prigioniera come schiava sessuale.
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Il giovane Shawn Hopkins scompare una sera dopo essere uscito da una sala giochi e i genitori del ragazzo non sono soddisfatti di come la squadra dell'FBI sta gestendo il caso. Tuttavia cambiano idea quando vengono informati che il loro ragazzo è stato visto parlare con uno spacciatore locale. Ulteriori indagini provano che Shawn è un ragazzo a posto e che stava dando una mano ad un'amica che è stata stuprata, ma a questo punto si teme ancora di più per la sua vita.
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Max Cassidy svanisce dopo aver lasciato un messaggio nella segreteria telefonica di sua moglie. Jack e Ann fanno di tutto per trovarlo e durante le indagini Jack scopre che Max aveva una relazione e che era rimasto invischiato in un caso collegato all'omicidio del suo partner, Jimmy. Max era convinto che Jimmy fosse troppo giovane per lavorare sotto copertura e anche se le ricerche continuano senza sosta, la squadra teme il peggio.
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Sam accetta un caso come favore ad un amico e si occupa di una giovane donna che soffre di amnesia ritrovata da due poliziotti in abiti e gioielli costosi. Le indagini portano gli agenti ad una rapina andata male e al passato della donna, che sembra essere la causa scatenante della sua amnesia. Jack lascia l'ufficio per qualche giorno per stare accanto a Frank, la cui malattia si sta aggravando. Tenta di convincerlo a farsi curare, ma ormai è tardi e Jack da' l'ultimo saluto a suo padre.
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Un paramedico, molto rispettato e ammirato nel suo quartiere, svanisce e la squadra sospetta che la gang locale possa essere implicata. Nel frattempo Jack ha dei problemi con le ultime disposizioni di suo padre lasciate poco prima di morire, nelle quali chiedeva esplicitamente di essere cremato.
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La terapista Gina Hill scompare e la squadra pensa che uno dei suoi pazienti sia il responsabile. Dopo aver discusso con il fidanzato di Gina e con il suo terapista, gli agenti seguono una traccia che li porta a un barman di nome Vince. Martin continua ad avere problemi con la sua riabilitazione.
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Un'insegnante scolastica risulta dispersa e le indagini provano che forse la donna era coinvolta con uno dei suoi studenti.
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La squadra si occupa della sparizione di Andy Reynolds, un marine congedato con disonore. Jack si reca a Tokyo dove Reyonolds ha precedentemente confessato di aver stuprato una giovane donna. Negli U.S. gli altri agenti continuano a scavare nella vita di Andy e scoprono che aveva ottenuto dalla donna aggredita una dichiarazione giurata su video che lo scagionava dall'accusa di stupro.
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Leah Robinson scompare dopo una lite con un ragazzo in una galleria d'arte. Durante le indagini sul caso, la squadra comincia a sospettare che Leah sia responsabile della morte di alcune ragazze che lei sospettava essere implicate con suo marito. Ann non è ancora pronta a rendere pubblica la sua relazione con Jack e le cose tra di loro peggiorano quando a causa dei loro differenti metodi lavorativi, un sospettato riesce a sfuggire.
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Il piccolo Ethan Heller di cinque anni viene rapito in pieno giorno e la squadra sospetta che il padre sappia più di quanto dice. Indagando sul di lui si scopre che la compagnia di Jim Heller, la Genacore, sta pubblicizzando un farmaco miracoloso, l'Elixair, ma Heller ha scoperto che il prodotto è pericoloso per i bambini. Danny comincia ad avere dei sospetti su Martin per via del suo comportamento che diventa sempre più instabile, al punto da metterli in pericolo.
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Rachel Gibson, una giornalista agorafobica, svanisce dal suo appartamento dopo aver mandato il suo ultimo articolo in stampa. Un testimone oculare afferma di aver visto Rachel trascinata fuori da casa sua da un uomo e ulteriori indagini svelano che la donna ha acquistato da poco una pistola a causa di uno stalker che la stava ossessionando.
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Il team è alla ricerca del diciottenne Brandon Parker, che però si scopre essere un'identità rubata dal quindicenne Matt Jameson per poter lavorare e mantenere i suoi tre fratellini dopo che la madre li ha abbandonati. Le ricerche proseguono grazie a un amico dell'orfanotrofio. Nel frattempo Samantha si rende finalmente conto che c'è qualcosa che non va in Martin e sospetta che sia diventato dipendente dai farmaci. Si rivolge a Danny per avere una mano, ma il collega si mostra riluttante a farsi coinvolgere nei problemi di Martin.
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Megan Sullivan è H.I.V. positiva, incinta e scomparsa. Inizialmente la squadra sospetta del marito che non sembra molto entusiasta riguardo alla sua imminente paternità, ma si scopre che Megan ha ricevuto una chiamata dalla prigione che li porta fino al suo ex ragazzo, colui che le ha trasmesso il virus dell'AIDS. Le ricerche continuano con l'interrogatorio dell'ex amante del marito e del suo medico curante, che le ha comunicato di recente delle brutte notizie. Martin ringrazia Danny per il suo aiuto e lo rassicura che sta continuando a vedere un terapista per il suo problema.
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Breck Mulligan sparisce dalla casa-rifugio per donne dove stava lavorando e la squadra è incaricata del caso. Breck aveva cominciato a lavorare al rifugio come 'punizione' relativa ai suoi crimini per droga, ma una volta entrato in contatto con la realtà del posto, ha avuto una crisi di coscienza e si è affezionato al suo lavoro, tanto da fare il gigolò con donne ricche e attempate per garantire le necessarie donazioni per la comunità. Il team scopre però che la sua famiglia e i suoi amici non hanno molta fiducia in lui e che hanno tentato di convincerlo ad abbandonare la sua nuova vita.
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La squadra è alle prese con il caso di una pattinatrice scomparsa dopo il suo solito allenamento e dalle indagini risulta che il sospettato più probabile è il tecnico del pattinatoio, un ex detenuto condannato per stupro, che è anche l'ultima persona ad aver visto la vittima.
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Il team è incaricato della scomparsa di Ted Jordano e dei suoi due figli, svaniti dalla loro casa che è in pratica impregnata di sangue.
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Una giovane ragazza bianca e un ragazzo di coloro svaniscono nella stessa notte e Jack si trova in una brutta posizione quando riceve ordini dall'alto di impiegare più risorse per le ricerche della ragazza, piuttosto che utilizzare gli stessi metodi per entrambi.
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L'avvocato Jennifer Nichols scompare e indagando sugli ultimi giorni prima dell'accaduto si scopre che stava avendo dei problemi con il suo partner, Allen Davis. Inoltre, un suo ex amante riferisce agli agenti che Jennifer aveva riaperto un caso di dieci anni fa riguardante una rapina in banca, un'indagine che potrebbe essere collegata alla sua attuale relazione. Nel frattempo Jack e Ann evitano di discutere dell'ultimo sviluppo nella loro storia, sviluppo che verrà alla luce in circa nove mesi.
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