La seconda stagione della serie televisiva Senza Traccia (2), composta da 24 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 25 Settembre 2003 al 20 Maggio 2004. Disponibile in Italia.
Il team è incaricato di occuparsi di un caso molto delicato: un autobus scolastico pieno di bambini è nelle mani di alcun rapitori che sembrano indecisi su come procedere, aumentando sempre di più la cifra per il riscatto.
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Un prete scompare e il team indaga sugli avvenimenti antecedenti alla scomparsa, ma Jack sospetta che l'uomo non sia una vittima innocente, ma che anzi possa essere scappato perchè colpevole di qualcosa.
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Il caso di una persona scomparsa si trasforma presto in un'indagine criminale quando la donna svanita, una ragazza in procinto di sposarsi, risulta coinvolta in qualcosa di losco.
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La squadra si occupa della sparizione di una ragazzina di quattordici anni, una violinista, scomparsa insieme al suo prezioso violino la sera in cui doveva tenere un concerto. Nel frattempo Samantha cerca di rimettersi in sella dopo la ferita subita di recente.
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Malone è alla ricerca di una donna scomparsa, la cui descrizione collima con quella di una serie di vittime di omicidi risalenti a dodici anni prima. Durante le indagini Jack capisce che dietro le quinte si nasconde Graham Spaulding, che approfittando di informazioni sul passato di Jack, lo sta attirando in una trappola.
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Il team è alle prese con uno scandalo sessuale scoppiato in un liceo, vicenda che ha subito un escalation e che si è trasformata in un'indagine per omicidio.
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Un ragazzo di origine latino-americane viene rapito durante il giorno dal quartiere Spagnolo in Harlem. Mentre la squadra si occupa del caso, i membri della famiglia della vittima sono stranamente assenti dalle indagini e gli agenti sospettano che possano essere immigrati clandestini che vivono nel timore di venir espulsi dal Paese.
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Un giovane pompiere sparisce dopo aver salvato eroicamente due persone da un palazzo in fiamme. Durante le indagini si forma la teoria che altri pompieri possono essere coinvolti in atti di piromania.
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La squadra sta indagando nella scomparsa di una dottoressa di cui si sono perse le tracce mentre stava correndo in compagnia del suo ex marito. Le indagini svelano che la donna aveva subito un aborto spontaneo e che aveva troncato la sua nuova relazione.
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Luke Horton svanisce nel nulla dopo una festa per una riunione di ex alunni. La squadra scopre che Luke stava conducendo una doppia vita, ma che era intenzionato a mettere fine alla faccenda, pronto ad affrontarne le conseguenze.
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La squadra è impegnata in un caso dove c'è una nutrita lista di sospettati; la persona scomparsa è un paparazzo la cui attività scandalistica ha portato alla rovina e al suicidio di una star della tv. Colpito dai sensi di colpa, l'uomo ha deciso di cambiare vita e fare ammenda per la sofferenza causata, impegnandosi ad aiutare un gruppo ambientalista che sta raccogliendo prove per esporre le malefatte di una corporation, colpevole di inquinamento chimico che causa il cancro.
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Jack e la squadra indagano sulla sparizione di un avvocato penalista. Scavando nella vita del soggetto, si scopre una serie di comportamenti che potrebbero essere causati da schizofrenia paranoica.
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Il team è alla ricerca di un consulente e si scopre che la lista dei sospettati è molto lunga. Durante le indagini gli indizi svelano che l'uomo non è chi dice di essere.
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Il team indaga sulla scomparsa di un ex poliziotta che è passata dalla divisa in blu a quella dei cacciatori di taglie. La ragazza è stata ferita da un colpo d'arma da fuoco e se ne sono perse le tracce. Jack cerca di fare il possibile per ritrovarla prima che sia troppo tardi.
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Eric Miller è un ragazzino di dodici anni di cui la squadra si sta occupando. Dai primi rilevamenti sembra che il bambino sia stato rapito, ma dopo aver scoperto l'esistenza di una foto imbarazzante di Eric che gira per la scuola, Jack interroga il consigliere scolastico per vederci chiaro e per accertare se si è trattato di un rapimento o di una fuga.
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Vivian si sta occupando di un caso vecchio di quattro anni, riguardante la diciottenne Jessica Rabb. Grazie alla sua determinazione, Vivian è riuscita a trovare ulteriori indizi e una nuova pista che porta a svelare i sordidi dettagli della vita sessuale di Jessica. Resta da vedere se una volta ritrovata la giovane donna, lei stessa sarà in grado di ritrovare la sua strada.
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Un giovane soldato, appena tornato dal fronte iracheno, scompare nel nulla. Jack e Danny si occupano del caso, ma scoprono che il ragazzo ha dei segreti che sarebbe meglio lasciare tali.
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La squadra è alla ricerca di un uomo che è scomparso dopo aver lasciato il salone di bellezza della moglie per depositare l'incasso della giornata. Nel frattempo il fratello di Danny è appena uscito di prigione sulla parola, ma Danny cerca di non farsi trascinare nuovamente nella vita turbolenta del fratello. Martin si sta preparando per il consueto esame di qualifica di tiro al bersaglio, ma la faccenda porta alla memoria sgradevoli ricordi.
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La squadra indaga sulla scomparsa di un uomo; interrogando la sua fidanzata si viene a sapere che i due vivevano insieme e che il soggetto aveva un fratello gemello. L'uomo attira l'attenzione degli agenti dopo che viene visto flirtare con la fidanzata dello scomparso durante una festa.
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Sam sta aiutando Martin a rintracciare sua zia, malata terminale, ma i due scoprono che la donna sta usando la sua esperienza di infermiera per aiutare altri malati terminali a porre fine alle loro sofferenze. Inoltre al padre di Jack viene diagnosticato l'Alzheimer e Jack decide che è venuto il momento di riconciliarsi con lui.
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Jack e gli altri indagano sulla scomparsa di un uomo in preda alla disperazione a causa della sentenza di morte che suo figlio deve affrontare per un omicidio di cui è stato giudicato colpevole undici anni prima. Il padre del detenuto è convinto che suo figlio sia innocente e durante le indagini la squadra comincia a revisionare il vecchio caso per verificare questa teoria; tuttavia la famiglia della bimba uccisa, è determinata a vedere il prigioniero pagare per il dolore che hanno subito.
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Gli agenti sono alle prese con la scomparsa di un allenatore di football universitario, sparito dopo essere stato licenziato a causa delle pessime performances della sua squadra. Indagando si scopre che l'allenatore aveva introdotto una nuova politica all'interno della gestione del team, sospendendo dal gioco tutti i giocatori con scarsi voti accademici o colpevoli di cattiva condotta. Questa sua linea di principio ha escluso dalle gare i giocatori migliori, ottenendo così una serie di sconfitte. I sospettati sono molteplici, dai giocatori frustrati, ai membri del consiglio accademico fino ad arrivare al giro delle scommesse illegali. Nel frattempo Malone riceve una notizia a sorpresa dalla moglie che ha ottenuto un'ottima offerta di lavoro a Chicago e propone il trasferimento di tutta la famiglia.
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La squadra indaga sulla scomparsa di una ragazza di sedici anni, sparita nel 1991. Mentre cercano di determinare se la famiglia adottiva è coinvolta o meno nella faccenda, la ragazza arriva agli uffici dell'FBI tramite un articolo di giornale e racconta che è stata rapita quando era ancora molto piccola. Jack informa i colleghi che presto si trasferirà a Chicago.
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Il team si occupa della sparizione di una madre e dei suoi due bambini, svaniti dallo yacht su cui erano imbarcati e ritrovato alla deriva nella baia di New York con il cadavere del capitano. Jack e la sua famiglia stanno organizzando il loro trasloco.
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