La terza stagione della serie televisiva MacGyver (3), composta da 20 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 21 Settembre 1987 al 9 Maggio 1988.
Trama di MacGyver 3. Durante le sue missioni per conto della Phoenix Mac incontra un amore perduto, ma non fa in tempo a gioirne che il destino interviene ancora una volta per separarli. Jack Dalton, amico e avventuriero, continua a trascinare Mac nelle sue imprese pazze, ma l'affetto che li lega è troppo profondo perchè Mac possa strangolarlo durante l'ennesima sciarada in cui viene coinvolto. Una nuova collega, Nikki, si unisce a Mac durante le sue avventure, e anche se si comportano come cane e gatto, le loro schermaglie nascondono una reciproca attrazione.
Mac è impegnato a organizzare i sistemi di difesa del Museo di San Diego che sta ospitando una prezioso tesoro nazionale cinese, il Dragone Ming. Mentre si trova all'interno della struttura, Mac s'imbatte in Lisa, suo amore perduto che lui credeva morta. Mac scopre che Lisa è sopravvissuta al colpo d'arma da fuoco ma che ha bisogno del suo aiuto per fuggire dal KGB.
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Il KGB ha catturato Lisa e ricatta MacGyver per ottenere il Dragone Ming in cambio della vita della donna. Mac chiede aiuto a Jack per mettere in atto il suo piano.
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Jimmy Kendall, un uomo inserito nel programma dei protezione dei testimoni, rischia di far saltare la sua copertura quando diventa il coach di una squadra di baseball che sta avendo molto successo.
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Mac si trova in Alaska per compilare una mappa dei territori inesplorati per conto della Fondazione Phoenix. Mentre si trova in mezzo alla natura selvaggia, Mac trova una nave abbandonata e finisce per cercare una ragazza in fuga.
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Una vecchia conoscenza di Mac finisce assassinata durante le indagini su una serie di furti di gioielli. Mac interviene per scoprire chi è il responsabile e assicurarlo alla giustizia.
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MacGyver e Nikki sono mandati in missione per recuperare un aereo sperimentale caduto in territorio sovietico. I due sono in gara contro sensitivo: Starkoss. L'uomo lascia dei messaggi nascosti per Mac e Nikki, ma è saggio fidarsi di un nemico?
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MacGyver e Jack Dalton vengono arrestati da uno sceriffo corrotto dell'Arkansas e rinchiusi in una prigione che usa i detenuti come schiavi in una miniera d'oro. Mac s'ingegna per trovare una via di fuga, mentre Jack ha tutt'altri piani: rimanere nella miniera per trovare i cinque milioni di dollari nascosti da suo zio Charlie anni addietro.
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MacGyver perde una cara amica a causa di un tragico incidente durante la scalata di una montagna. Nikki va a trovarlo nella baita dove si è rifugiato in preda alla tristezza e cerca di consolarlo, tuttavia Mac sarà costretto a reagire a causa del ritorno di un vecchio nemico: Murdoc.
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MacGyver è impegnato come giudice di gara in una competizione scientifica alla sua ex università. Tuttavia quella che è una gara d'intelletti e immaginazione si trasforma in una tragedia a causa del rapporto conflittuale tra un ragazzo e suo padre, direttore della facoltà e vecchio maestro di Mac.
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Qualcuno sta cercando di uccidere Nikki Carpenter e Mac cerca di scoprire chi si nasconde dietro gli attentati. I due scoprono che il killer è collegato a due terroristi che hanno fatto saltare in aria un ufficio postale. Mac e Nikki cercano di localizzare il prossimo obiettivo dei criminali prima che sia troppo tardi.
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Un satellite che sta trasportando un esperimento genetico, precipita sulla Terra dopo aver perso l'orbita geostazionaria. Nella zona dell'impatto gli animali cominciano a perire per via di una mutazione avvenuta all'esperimento originario. Mac indaga per scoprire cosa sta succedendo.
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Durante una prova per testare l'efficienza di una squadra di artificieri specializzati in armi nucleari, un'esplosione causa la morte di tre uomini. Pete si sente responsabile per l'accaduto e decide di dare le dimissioni dalla Fondazione Phoenix. Tuttavia il suo sostituto è un uomo poco raccomandabile che potrebbe essere collegato all'esplosione.
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Mac si trova in Minnesota per allenare una squadra di hockey di un liceo e cerca di cambiare l'atteggiamento aggressivo di uno dei giocatori che ha la possibilità di essere scelto dai talent scout delle squadre professioniste. Tuttavia i buoni consigli non sortiscono l'effetto sperato e un altro giocatore finisce all'ospedale durante un cruento scontro sul campo di gioco. Mac cerca di capire come mai un bravo ragazzo pieno di talento si comporti in modo così violento.
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Di ritorno da una lunga missione, Mac torna a casa per trovare Jack Dalton ad attenderlo con un altro dei suoi piani strampalati: Jack è stato assunto come pilota da una donna benestante che ha appena acquistato dei gioielli di valore inestimabili e ha bisogno di un volo sicuro per tornare in Francia. Le cose sembrano andare per il meglio, almeno fino a quando, una volta atterrati, Jack e Mac vengono arrestati con l'accusa di furto.
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MacGyver sta effettuando una serie di studi ambientali su una zona che sta per essere edificata. Mac si trova in dolce compagnia dopo aver fatto la conoscenza di una donna che sembra essere l'incarnazione dei suoi sogni. Purtroppo quella che sembra essere la donna perfetta è in realtà un killer assoldato per 'persuaderlo' a cambiare idea sugli esami che sta conducendo
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MacGyver si fa aiutare da un uomo soprannominato 'terremoto' per scoprire i responsabili che si nascondono dietro la discarica di residui tossici che sta inquinando le falde acquifere.
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Jack e MacGyver sono impegnati nel recupero di una Maschera Lupo che è oggetto di interesse di alcuni mercenari.
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Di ritorno da un volo, Mac e Jack Dalton trovano un neonato abbandonato nell'hangar di quest'ultimo. La situazione si complica ulteriormente quando scoprono che probabilmente il bambino è figlio di Jack.
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Mac è in visita presso una vecchia fiamma che lavora come Ranger in una riserva naturale. Mentre si trova sul posto s'imbatte in alcuni bracconieri che cacciano illegalmente gli animali del parco. Mac cerca di smascherarli, ma i criminali decidono di vendicarsi e gli danno la caccia.
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Il capo di una compagnia Cinese-americana viene assassinato nel suo ufficio da un killer. Mac indaga con l'aiuto del nipote della vittima, che è l'erede designato per prendere in mano le redini dell'impero commerciale, e prossimo obiettivo dell'assassino.
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