La terza stagione della serie televisiva Lincoln Heights - Ritorno a casa (3), composta da 10 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 16 Settembre 2008 al 11 Novembre 2008.
Mentre i genitori sono in vacanza per qualche giorni, i ragazzi fanno tutti cose che non dovrebbero fare; Cassie è a casa con Charles quando dei malintenzionati entrano nell'edificio. Il più giovane dei rapinatori ha un ripensamento e il capobanda gli spara. Eddie, appena arrivato in città, prende in mano la situazione...
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Cassie e Charles fanno sesso sul letto che è servito per una rappresentazione studentesca di Rome e Giulietta, non sapendo che c'è una videocamera che lo inquadra: tutta la scuola assiste allo show tramite un sito internet. L'angustiata Cassie incontra la figlia di un reverendo che le confessa di essere lesbica. I Sutton vanno a cena con la famiglia della ragazza e Tay scopre quello che è successo a Cassie.
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Cassie inizia a temere di essere incinta mentre Lizzie ha dei problemi ad ambientarsi nella sua nuova scuola. Intanto Sage dice a Charles di essere in procinto di lasciare la città. Quando Cassie gli dice che suo padre ha un problema di alcolismo, decide di trasferirsi dai Sutton mentre Eddie va in un centro di riabilitazione.
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Sage si sveglia con una copiosa emorragia nasale e Jenn la porta di gran carriera in clinica. Qui la ragazza assiste alla morte di una donna causata dall'errore di un infermiere: Anita Kingston cerca di non dare importanza all'accaduto, ma Sage la costringe a pagare i danni alla famiglia della paziente. Intanto Cassie dice a Charles di volere aspettare prima di ricominciare a fare l'amore con lui.
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Eddie è alle prese con un dilemma professionale, ma anche Jenn, a seguito di una confessione da parte di una collega, ne ha uno per le mani. Cassie sosprtta che ci sia del tenero tra Sabrina e Charles. Intanto Lizzie è costretta a scegliere tra Devin e Johnny Nightingale, e la promozione di Sage crea attrito tra lei e Cassie.
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Eddie cerca di impedire la liberazione di un uomo che ha ingaggiato un kiuller per uccidere sua madre. Sabrina diventa un problema per Cassie e Charles. Lizzie e Devin si danno un appuntamento e lui la baca nel parco. Ma Johnny Nightingale viene ucciso da un pirata della strada, e Lizzie è sconvolta.
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Lizzie è affranta per la morte di Johnny; in seguito al tragico evento, Charles decide di chiedere a Cassie di sposarlo. Intanto Lizzie s'imbatte in un vecchio articolo di giornale che parla del padre di Johnny, e scopre la verità sulla suia famiglia. L'uomo, un bianco, dona una lapide per la tomba del ragazzo, ma rifiuta di ammettere di essere suo padre.
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Tay incontra una ragzza che gli offre un drink; lui non sa cosa sia e torna a casa ubriaco. Per insegnargli una preziosa lezione i genitori lo iscrivono a un corso sul bere, e qui fa amicizia con una giovane celebrità che ha un problema di abusi. Intanto una donna si presenta a casa dei Sutton. Ci è vissuta da ragazzina, e grazie a lei la famiglia scopre perché la porta al piano di sopra è stata inchiodata.
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Il figlio di Dana, Nate, si trasferisce dai Sutton proprio mentre i ragazzi si preparano per il ballo di fine anno. Cassie e Sage concorrono entrambe per l'elezione a reginetta. Vinceranno Sage e Charles, causando una bella sfuriata di Cassie. Poco dopo Mac, il patrigno di Charles, cerca di rapirla, ed è Tay a sventare il misfatto.
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Mac viene ucciso dal terremoto e i Sutton, la cui casa è andata distrutta, scoprono che il padre di Nate, il figlio di Dana, è Eddie. Intanto Charles trova i soldi che avevano cercato i rapinatori e se ne impossessa senza dire nulla ai Sutton.
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