La nona stagione della serie televisiva JAG - Avvocati in divisa (9), composta da 23 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 26 Settembre 2003 al 21 Maggio 2004.
La nona stagione comincia con Harm, Mac, Webb e Gunny in Paraguay sulle tracce del terrorista Sadik. Le indagini proseguono con una nota di turbamento dovuta ai sentimenti di Harm e al fatto che ha dato le dimissioni per volare in Sud America a cercare Mac.
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Harm ritorna a Washington e scopre scioccato, che l'Ammiraglio ha ufficializzato le sue dimissioni. Inoltre una sottufficiale della Marina, data per dispersa durante la Guerra del Golfo, viene localizzata in Iraq, sposata a uno sceicco beduino. La marina decide di accusarla di diserzione.
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Harm è in missione per conto della CIA e vola nelle Filippine. Al JAG nel frattempo, Mikey, il fratello minore di Bud, chiede l'aiuto di Mac in merito al suo ruolo di testimone in un duello d'onore.
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Mentre sta conducendo un test di volo, Harm si ritrova coinvolto in una missione della CIA nel Nord della Corea: un plotone di Marines è stato coinvolto in una schermaglia con degli Iracheni, perdendo due soldati e la radio per le comunicazioni.
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Ancora una volta la CIA spedisce Harm in missione oltreoceano, mandandolo in Libia insieme a Beth O'Neill per 'estrarre' un'agente dal paese. Ma l'uomo intende portare con se tutta la famiglia, costringendo Harm a modificare i loro piani di fuga. Alla base del JAG nel frattempo, un Marine è accusato di essere in collusione con Al Qaeda e Mac è assegnata alla sua difesa.
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Harm viene licenziato dalla CIA per essere stato inavvertitamente ripreso dai media durante l'atterraggio sulla Seahawk dopo la missione in Libia. Rimasto senza lavoro, Rabb accetta un lavoro nel campo dell'aviazione agricola per pagare le bollette. Al JAG torna una faccia del passato, il Comandante Carolyn Imes ritorna al Quartier Generale del JAG per prendere il posto lasciato vacante dal Comandante Rabb. Ma Imes nasconde un segreto che metterà in pericolo la sua carriera. Inoltre Catherine Gale informa Harm di essere in attesa di un bambino.
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In seguito agli eventi relativi al Comandante Imes, il JAG è oberato di lavoro, così l'Ammiraglio ordina che Harm riceva nuovamente i suoi gradi e torni alla base per riprendere il suo posto. Nel frattempo un sottomarino degli US porta in salvo dieci Nord Coreani, dispersi in mare dopo che il loro vascello è affondato nei pressi delle acque della Corea del Sud. Il Comandante Turner arriva a Washington per esaminare il caso.
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Un pilota d'elicotteri della Marina è posto sotto indagine dopo essere intervenuto in una situazione civile con degli ostaggi. Nonostante abbia risolto la crisi ha oltrepassato i confini di sua competenza, intervenendo in un'operazione della polizia. Harriet riceve l'incarico di organizzare una festa di Natale per i soldati in Iraq.
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Un Marine finisce sotto indagine quando la stampa riporta le sue affermazioni di aver ucciso un prigioniero Iracheno. Nel frattempo, durante una partita di baseball tra i Marines e la Marina, un battitore rischia di rimanere ucciso da una palla un po' troppo violenta. Il lanciatore finisce sotto inchiesta per possibile accusa di aggressione.
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Mac e Harm si occupano della difesa di un Comandante responsabile di aver speronato una nave turca durante un'esercitazione della NATO nel Mar Egeo; l'accusa viene affidata all'Ammiraglio Chegwidden. All'Accademia Navale, Mikey Robert fa la conoscenza della sorella del suo compagno di stanza e tra i due scatta subito la scintilla, causando attrito nell'amicizia che lega i due ragazzi.
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Harm è intenzionato ad adottare legalmente Mattie, ma il suo passato da 'single' impenitente crea qualche difficoltà per il procedimento.
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Harm ha ottenuto la custodia legale di Mattie e Jennifer Coates si trasferisce in un appartamento a qualche porta di distanza da quello di Harm. L'Ammiraglio Chegwidden cerca di capire perchè il diamante che ha regalato a Meredith per il loro fidanzamento, gli appaia 'sbagliato'.
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Un'ufficiale della Marina viene ritrovata brutalmente assassinata e Mac assume le difese del sospettato, un sottufficiale che al momento non era in grado di intendere o volere e che non ha nessun ricordo di quello che è accaduto. Inoltre un Comandante dei Navy SEAL viene accusato di furto e frode ai danni degli Stati Uniti d'America.
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Alcuni civili rimangono uccisi in un raid aereo e la Corte per i Crimini Internazionale si riunisce e accusa gli US di crimini di guerra. Harm, Mac e Bud si occupano della difesa e devono anche sostenere la decisione del loro Paese che ha dato il via al conflitto. Con Bud all'estero, Mikey riceve l'incarico di babysitter per occuparsi di AJ, ma quando il bambino scompare, Bud vola a casa nel bel mezzo del processo.
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Un aereo si schianta su una portaerei e si presume che il pilota abbia commesso un suicidio. Il caso vede Harm e Mac uno contro l'altra, poiché Mac ritiene responsabile l'ufficiale in comando, che era al corrente di una grave forma di depressione che affliggeva il defunto.
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Sadik Fahd, che ha tenuto Mac e Webb prigionieri alla fine della scorsa stagione, arriva a Washington DC e si mette in contatto con Mac, la quale cerca di scoprire cosa è venuto a fare negli States. Nel frattempo Harm è temporaneamente sordo in seguito a un incidente con la batteria della sua Corvette.
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Mac è afflitta dai sensi di colpa dopo aver ucciso Sadik Fahd e la cosa comincia a interferire anche con il suo lavoro di avvocato. Mattie cerca di comprendere quali siano i suoi sentimenti verso suo padre.
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I Membri del JAG vengono aiutati a scoprire la vera natura dei loro sentimenti durante le celebrazioni per la promozione di Jennifer Coates a Sottufficiale di 1^ classe.
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Mac fa richiesta che venga assegnata una scorta adeguata a una Marine prigioniera, una scorta in grado di tener testa a un Marine ben addestrato. Il destino è a volte beffardo e Mac stessa riceve l'incarico di ufficiale di scorta, insegnandole che bisogna essere cauti con ciò che si desidera.
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Il Comandante Turner si difende da alcune accuse di razzismo, mentre Harm e Mac sono schierati come accusa e difesa nel caso di un Generale dei Marines che ha dichiarato pubblicamente che l'Islam e terrorismo sono la stessa cosa, suscitando una ridda di polemiche.
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Harm da una mano alla madre di un marine caduto in Iraq a liberarsi di un giornalista troppo opprimente, e al tempo stesso cerca di starle vicino in vista dei funerali. Mac e Bud invece stanno indagando su delle armature difettose che hanno causato la morte di soldati in battaglia.
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I Navy SEAL finiscono sotto inchiesta per via di un grosso carico di eroina confiscato dal cui totale manca un chilo. Bud si occupa di un Marine cantante che sta subendo delle minacce dalla casa discografica con cui ha firmato il contratto, impedendogli di partire per il fronte.
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Il finale di stagione prevede dei grandi cambiamenti e scioccanti novità: l'Ammiraglio Chegwidden comunica una sua decisione personale al resto del suo staff che cambierà l'assetto del JAG, Mac scopre delle novità in merito alla sua salute, mentre Harm è afflitto da una tragedia personale.
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