La seconda stagione della serie televisiva El Chapo (2), composta da 12 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 17 Settembre 2017 al 3 Dicembre 2017. Disponibile in Italia dal 15 Dicembre 2017 al 15 Dicembre 2017.
El Chapo è ancora una volta protagonista delle news di tutto il mondo; El Chapo propone ai suoi nuovi alleanti di lavorare insieme per eliminare il cartello degli Avedaño.
El Chapo chiede aiuto a Chito per scappare dalla prigione, in cambio lo farà diventare parte della sua squadra. Conrado sta cercando Mirta per offrire i suoi servizi contro il narco-traffico e riguadagnare il suo posto nel governo.
Joaquin Guzman Loer viene ricatturato da GAFES, ma lui li convince a lavorare per la sua organizzazione. El Chapo organizza la Federazione con gli altri leader del traffico della droga dopo la morte dei fratelli Avedaño.
Loera organizza una trappola per Raciel Cardenas in modo da conquistare il territorio di Nuevo Laredo. El Chapo e la Federazione iniziano una guerra contro El Cano e la sanguinosa armata de Los Emes.
El Chapo e Loera vanno al funerale di suo fratello, El Pollo, ucciso da Chente e e Raciel. El Cano invade il territorio della Federazione per uccidere gli uomini di El Chapo.
El Chapo ordina a Don Sol di evitare l'arrivo di Andrés Labrador alla presidenza del Messico perchè teme che possa mettere fine ai suoi affari.
Loera promette a Don Sol di mettere una fine alla guerra contro il traffico di droga e portare la pace nel paese. Migliaia di innocenti soffrono terribili conseguenze per via dello scontro tra la Federazione, gli Emes e Chente.
Evelina, un'umile cittadina, decide di andare a Culiacan per cercare sua figlia che è stata rapita dal cartello Sinaloa. Omar, un teenager di Nuevo Laredo, viene rapito, drogato e costretto a lavorare come killer per Los Emes.
Arturo Bernal Leyda, uno dei tanti partner in affari di El Chapo e della Federazione, decide di guidare un negoziato con i suoi nemici più acerrimi. E Chapo intanto tratta con Don Sol per far liberare suo figlio.
Dopo il riconoscimento del corpo di suo figlio, El Chapo si rifugia nel ranch di sua madre in preda al lutto. In città i nemici di El Chapo non gli danno tregua e continuano la guerra.
In un tragico e inaspettato giro di eventi, i sicari di Snaloa confondono la presenza di Arturo Meza e il figlio di El Chapo con quella di Arturo Bernal.
El Chapo riafferma il suo destino e il dolore per la perdita di suo figlio non lo ha sconfitto, come pensavano i suoi nemici, bensì gli ha ridato nuova forza per combattere.