La seconda stagione della serie televisiva Don Matteo (2), composta da 16 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 21 Ottobre 2001 al 9 Dicembre 2001. Disponibile in Italia dal 21 Ottobre 2001 al 9 Dicembre 2001.
Nerino, e con lui molti altri abitanti del paese sono vittime di un'intossicazione alimentare. La causa - si scopre - è il pericoloso pesticida contenuto nelle mele vendute dai coniugi Di Giacomo, agricoltori biologici. Si tratta di un sabotaggio, così sostiene il signor Di Giacomo. Si indaga sull'agricoltore della tenuta limitrofa che ha dei motivi di risentimento nei confronti dei vicini; si pensa anche ad un lavoratore stagionale in lite con il Di Giacomo per non essere stato pagato a dovere. I Carabinieri, con l'aiuto di don Matteo, scopriranno la verità.
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Muoiono in una notte alcuni tossicodipendenti vittime di una partita di droga tagliata male. Chi può essere stato l'incosciente spacciatore? In seguito ad una segnalazione anonima, dosi di droga appartenenti alla partita che ha causato le vittime vengono trovate in un negozio di tatuaggi. La giovane donna, proprietaria da poco tempo di questa attività, ha anche lei un passato di tossicodipendenza. Dopo il suo rilascio, i sospetti sembrano spostarsi, quasi inevitabilmente, sull'ex fidanzato, appena uscito di prigione, colpevole proprio di spaccio. Don Matteo però indaga su un'altra persona.
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Durante una festa fra ex compagni di scuola della padrona di casa, Giulia Chimenti, nel giardino viene trovato ucciso suo marito. Con le mani sporche di sangue è sorpreso, vicino al cadavere, Nico Caronna, già dipendente dell'uomo, da poco licenziato. Non sembrano esserci dubbi: è lui il colpevole. Cecchini deve indagare da solo, perché Anceschi era fra gli invitati, in quanto ex compagno di scuola di Giulia e, secondo alcune voci, anche suo spasimante. Ma né in Don Matteo né in Cecchini i sospetti sul capitano trovano terreno fertile.
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Monica Tini crede di essere affetta dalla leucemia e, proprio fuori dal laboratorio dove ha fatto le analisi contenenti il triste responso, ha incontrato il mago Kaspar. Costui è un mago itinerante, già accusato di essere un ciarlatano, capace di illudere e raggirare la gente, facendo leva sulla credulità e il bisogno di risposte immediate, tipico di chi è in stato di necessità. I carabinieri lo interrogano senza riuscire a inchiodarlo. Dal canto suo Monica, dopo un incontro terapeutico con Kaspar, ha rifatto le analisi scoprendosi completamente sana. La donna grida quindi al miracolo e, infatuata del guru, trascura marito e figli per dedicarsi alla sua causa filantropica.
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Un famoso gourmet, Temistocle Rebecchini, viene trovato ucciso. I sospetti inizialmente ricadono sui fratelli Bagnetti, i quali dopo aver ricevuto lo sfratto da Rebecchini, lo avevano minacciato. Ma Gerolamo, un senza tetto ritardato, sostiene di aver assistito all'omicidio ed accusa una prestigiosa ristoratrice, Tiziana Mordelli, segnalata da una rivista gastronomica di successo. Don Matteo si convince della sua innocenza e cerca di fare chiarezza sulla vicenda.
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Questa volta si invertono le parti: ad essere accusato è il maresciallo Cecchini. Secondo prove schiaccianti, il maresciallo sarebbe un basista del traffico di stupefacenti, da tempo dedito al doppio gioco. Il capitano Anceschi e don Matteo riusciranno a scoprire che qualcuno, per vendicarsi di un arresto avvenuto anni prima, ha teso a Cecchini una trappola micidiale.
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Una gita di anziani in pullman finisce in tragedia: una signora della comitiva muore precipitando giù da una scarpata. Don Matteo è testimone oculare del fatto che qualcuno l'ha spinta, ma era troppo lontano per poterlo riconoscere. Le indagini si concentrano sul nipote, venditore al dettaglio sul torpedone della gita. In effetti i suoi rapporti con l'anziana zia non erano idilliaci e soprattutto dettati più dagli interessi economici che dall'affetto. Eppure il giovane continua a dichiararsi innocente.
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Un giovane pugile dilettante muore mentre scambia dei colpi sul ring con il suo allenatore. Quest'ultimo, Luciano Vitri, è subito accusato di omicidio colposo, uno shock ancor più per chi, come lui, aveva già vissuto una situazione simile anni prima. È lo stesso indagato che chiede e ottiene da don Matteo di sostituirlo nell'allenare un altro ragazzo che, senza una famiglia alle spalle, ha però il talento per andare lontano. Convincendo il ragazzo a parlare, don Matteo verrà a sapere di un giro illegale di incontri con scommesse clandestine.
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Un noto industriale locale viene sequestrato. Chi sono i rapitori? Chi è stata la "talpa" in azienda? Forse una dipendente sarda con un rapimento alle spalle? Il figlio del sequestrato, Claudio, è un ragazzo che don Matteo conosce bene, perché molto impegnato nel mondo del volontariato. Il dramma del sequestro lo mette davanti alla necessità di occuparsi dell'attività del padre durante la sua assenza. Dopo la liberazione dell'ostaggio, quando il caso ormai sembra chiuso, a don Matteo restano forti dubbi sul modo in cui si sono svolti i fatti.
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Fino a che punto è giusto per i giovani stranieri che vivono in Italia, continuare a seguire le tradizioni, anche rigide, dei loro Paesi d'origine? Il marocchino Tarek Kamal, da anni in Italia come negoziante, si ostina nel volere le nozze del figlio con una ragazza marocchina, secondo la propria tradizione. Per sottrarsi a questa costrizione il figlio Mohamed coglie l'occasione di un furto avvenuto nel negozio di famiglia, per addossarsene la colpa. Questo disonore, in effetti, ottiene il risultato di mandare all'aria il matrimonio. Intanto Abdul, il figlio minore, subisce un episodio di violenza, su cui i Carabinieri indagano.
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Sergio, fidanzato di Angela, viene travolto e ucciso da un pirata della strada. Angela, dopo un periodo molto difficile, si riprende e, grazie a don Matteo, entra a far parte della banda musicale del paese. Non tutti sembrano, però, gradire la sua presenza. Gelosie e vendette inducono ignoti a minacciarla, spingendola così a desiderare di abbandonare il gruppo e la cittadina. Per i carabinieri, colpevole delle minacce è un ragazzo, membro dell'ensamble musicale e responsabile, tra l'altro, del pauroso incidente in cui perse la vita Sergio. Ma don Matteo intuisce che la verità è un'altra.
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Benito Lippi, un uomo fra quelli che portano la statua del santo patrono, viene morso da un serpente durante la processione cittadina. È in coma e morirà se non si trova l'antidoto in tempo utile. Purtroppo si constata che ad averlo morso è un pericoloso serpente Corallo, originario dei paesi asiatici. Chi può averlo introdotto nei vestiti della vittima? Qualcuno ha visto un filippino avvicinarglisi prima che cadesse a terra... Su questa pista i Carabinieri Anceschi e Cecchini arrestano un giovane filippino, che la vittima aveva da poco licenziato, ma a don Matteo risulta improbabile che sia lui il colpevole.
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Casualmente Nerino, durante una passeggiata, cade in quella che si scopre essere una preziosissima tomba etrusca. Il tempo di avvisare le autorità e il tesoro in essa contenuta scompare... Subito inquirenti e opinione pubblica sospettano di Lanza, un noto tombarolo locale, burbero e scontroso. Don Matteo entra in relazione con quest'uomo e si convince della sua innocenza. I dubbi, intanto si spostano su Todini, il funzionario locale della Soprintendenza alle Belle Arti.
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Nei boschi intorno al paese è scoppiato un incendio. L'attenzione dei Carabinieri è indirizzata verso un ragazzo, Fabio Savini, già artefice di altre bravate con degli amici. Alcune prove portano al suo fermo e lui, attratto dalla ribalta dei mass media e additato come "il baby-piromane", si dichiara colpevole, gettando nello sconforto il padre, un noto avvocato. Don Matteo, però, non crede alle sue parole e riuscirà a indurre il giovane a confidargli il dolore nascosto che lo ha portato a mentire per attirare l'attenzione del padre. Attraverso piste tutt'altro che semplici i Carabinieri e don Matteo risalgono al vero colpevole in un finale 'incandescente'.
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Viene trovato morto nella sua abitazione Pietro Varoli, presidente e allenatore della squadra di pallavolo locale, che ha da poco vinto il campionato provinciale. Gli indizi sono tutti contro Viviana, giovane ex giocatrice della squadra costretta sulla sedia a rotelle, in seguito a un incidente stradale con il pulmino della squadra, guidato dallo stesso Varoli. Il risentimento come movente e più di una prova sul luogo del delitto sembrano fugare ogni dubbio.
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Paola Salvarani viene trovata nella sua abitazione con il cranio fracassato. Natalina ha visto un uomo fuggire dal luogo del delitto e, grazie alla sua testimonianza, i Carabinieri risalgono al presunto omicida: Giovanni Antonelli un omicida in libertà condizionata. L'uomo confessa a Don Matteo di aver avuto una relazione segreta con la vittima, senza per questo esserne l'assassino. Intanto in paese la gente si ribella per l'accaduto: si sente minacciata e sottopone il presunto colpevole ad un linciaggio, anche se solo verbale, senza pietà. Ad alimentare il risentimento è il fidanzato ufficiale della vittima, Alessio Leoni, proprietario di un lanificio, dove era impiegata la donna uccisa. Ma nello stesso lavorano anche la cugina di Alessio, Pia Leoni e Daniela Danzi, amica del cuore della vittima e braccio destro di Alessio in azienda.
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