La sesta stagione della serie televisiva CSI: New York (6), composta da 23 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 23 Settembre 2009 al 26 Maggio 2010. Disponibile in Italia dal 17 Gennaio 2011 al 31 Marzo 2011.
Danny e Mac ricevono l'inatteso aiuto di una giovane donna mentre impegnati a cercare di risolvere il recente caso che coinvolge l'omicidio di un poliziotto.
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Mac deve scoprire il perchè di misteriose telefonate in cui gli vengono rivolte domande riguardo il padre e come faccia lo sconosciuto a conoscere i nomi di tutti.
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Un uomo apparentemente vittima di suicidio viene trovato sospeso ad una finestra su Ellis Island. La squadra deve cercare di scoprire le vere cause della morte.
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Una donna confessa l'omicidio del marito, ma quando gli indizi vengono messi alla prova per confermare le sue parole, finiscono per scaglionarla e condurre le indagini in tutt'altra direzione. Mac cerca quindi di capire chi la donna stia cercando di coprire.
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Mac e la sua squadra si occupano del caso che riguarda la morte di un ragazzo ritrovato morto nella sua stanza d'albergo. Con lui c'era la sua fidanzata, che però non ricorda nulla di ciò che è accaduto, il suo ultimo ricordo risale alla gara di ballo che i due avevano vinto la sera stessa. Inoltre bisogna capire perchè i soldi della vincita sono stati lasciati intatti e come mai il direttore dell'albergo non ha prestato assistenza alla donna quando ha fatto richiesta d'aiuto.
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Hawkes potrebbe trovarsi in un mare di guai in seguito alla morte di un uomo. Inoltre la squadra scopre finalmente perchè Hawkes ha fatto tante richieste di straordinario.
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Quello che sembra essere un incidente d'auto si rivela essere un caso di omicidio e di furto di organi. Il caso coinvolge anche le squadre di Las Vegas e Miami per fermare la catena criminale che sta minacciando la sicurezza pubblica. Hawkes in particolare rimane molto turbato dalla natura del caso.
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La squadra è sulle tracce di un serial killer e al tempo stesso alla ricerca disperata di Flack, che sembra essere scomparso. Mac lo protegge affermando che Flack aveva chiesto del tempo libero per dei problemi in famiglia, mentendo deliberatamente al comandante di Flack, il quale ha dei sospetti sulle cause del suo strano comportamento .
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Danny è finalmente pronto per tornatre a lavorare sul campo e insieme a Flack e si occupa di un caso che coinvolge il proprietario di un negozio, la cui vita si trova in pericolo. Intanto Mac svela un indizio chiave che lo mette sulla pista giusta per catturare un serial killer.
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Come conseguenza di una chiamata al 911, Mac e la squadra si ritrovano in un attico deserto, dove scoprono qualcosa che li porta in tutt'altra direzione, costringendoli non solo a rintracciare chi ha realizzato la chiamata, ma anche risolvere il mistero di un cadavere vecchio di 100 anni.
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Mac e la sua squadra indagano su un incidente mortale che potrebbe essere stato organizzato per mettere le mani sui due milioni di assicurazione sulla vita della vittima. Il caso si complica per via di una seconda vittima la cui identità è falsificata e che potrebbe essere collegata al primo caso.
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Mac rimane coinvolto nelle beghe familiari di un vecchio amico e gli viene raccontato più di quanto vorrebbe e scopre più di quanto immaginasse. Allo stesso tempo cerca di mantenere la promessa di catturare il killer di una ragazza di diciotto anni.
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Una ragazza, giocatrice di una squadra femminile di football, veien ritrovata morta in un armadietto nello spogliatoio e le indagini svelano del marcio nell'ambiente sportivo: da un allenatore con un passato losco alla rivalità tra le giocatrici, fino al mondo della chirurgia plastica.
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Dopo aver ritrovato il cadavere dissanguato di una giovane donna con segni di punture sul collo, la squadra si ritrova a indagare nel culto moderno del vampirismo, dove gli iniziati usano condividere il sangue come sorta di rito religioso.
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Indagando sulla morte di un pilota di F1 durante una gara, il team esplora il competitivo universo della formula uno, dove non sempre la velocità e bravura bastano per vincere.
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La squadra indaga su una festa di compleanno finita in tragedia, un caso molto difficile dove le risposte scarseggiano e i membri del team devono superare i loro limiti per arrivare alla verità.
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Durante il giorno di San Patrizio, quando la città si dipinge di verde per i festeggiamenti, la squadra è immersa nel rosso sangue di un duplice omicidio. Le indagini portano alla scoperta di un'operazione segreta potenzialmente fatale per un amico di Reed.
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Marina Garito viene ritrovata morta, apparentemente suicidio, ma Stella è convinta che sia stata uccisa. Stella e Marina stavano lavorando sul caso della scomparsa di Jessie, fratello gemello di quest'ultima e forse la sua morte è collegata al caso.
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Hawkes viene chiamato come testimone durante un'esecuzione e scopre un segreto che riguarda la sua famiglia. Prima che possa uscire dal carcere, si ritrova preso in ostaggio durante una rivolta dei detenuti. La squadra deve riuscire a liberarlo prima che i rivoltosi scoprano che si tratti di un poliziotto.
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Una controversia tra due manovali finisce male quando i due trovano il cadavere di un ex pugile nascosto sotto un blocco di cemento. Intanto Shane Casey continua a essere fonte di guai per Danny.
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Un bimbo di 10 anni, Sam, è testimone di una rapina a mano armata ai danni di suo fratello maggiore Nicky. Nel corso delle indagini Flack si sente molto protettivo nei confronti di Sam e fa di tutto per trovare l'aggressore e l'orologio rubato che apparteneva al loro papà.
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Mac è testimone, per caso, di strani avvenimenti che potrebbero essere collegati a un'indagine in corso. Quando le piste si raffreddano e il caso sembra languire, ancora una volta Mac assiste a dei fatti che lo lasciano perplesso e coinvolgono qualcuno di sua conoscenza.
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Un noto serial killer viene arrestato da Flack e portato all'ufficio del Procuratore, ma dopo aver aggredito un poliziotto, l'uomo riesce a scappare. Mac e Stella seguono le tracce lasciate dall'assassino e si ritrovano a indagare nel Museo Guggenheim.
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Il naufrago di Lost vola a New York per vestire i panni di un detenuto nel braccio della morte che lotterà per la sua vita durante una rivolta carceraria.
La Duchessa di Gossip Girl sbarca a New York sul set della crime series guidata da Gary Sinise, per interpretare un ruolo ricorrente come interesse romantico per uno dei membri del team.
Una pioggia di stelline per illuminare il cupo palcoscenico della sezione investigativa di New York.