La quinta stagione della serie televisiva CSI: New York (5), composta da 25 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 24 Settembre 2008 al 14 Maggio 2009. Disponibile in Italia dal 15 Gennaio 2010 al 2 Luglio 2010.
La squadra sta indangando sulla morte di un'amica della sorella di Flack, Lauren Santana, che si sospetta essere collegata alla rapina in banca. Mac si risveglia in un'auto parzialmente sommersa senza alcun ricordo di come ci sia finito. La polizia e la scientifica sono a caccia del rapinatore, mentre il numero delle vittime continua ad aumentare.
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Mac e il resto della squadra sono impegnati in una lotta contro il tempo per scoprire la fonte di contaminazione radioattiva che ha causato la morte per avvelenamento da radiazioni di alcune vittime.
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Mac si trova a bordo di un aereo, ma subito dopo il decollo, viene scoperto il cadavere di uno Sceriffo Federale. La squadra scopre che in realtà la vittima è un impostotre e che lo Sceriffo è stato ucciso precedentemente e i suoi documenti rubati dalla vittima dell'aereo. Nel frattempo Stella sta organizzando una partita di baseball tra il team della scientifica e una squadra di pompieri, uno dei quali le è molto vicino.
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Il team indaga sull'omicidio di Elaine Steel; le indagini si concentrano sul mondo dell'alta finanza, governato da corruzione e giochi politici e ad una fabbrica di bambole di silicone. Nel frattempo Hawk incontra un vecchio collega che gli chiede di manomettere le prove del caso.
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Un archeolgo di nome Stutton è entrato in possesso di un manufatto che rappresenta la chiave per risolvere un famoso caso di omicidio della storia di New York. Tuttavia, l'uomo non ha la possibilità di verificare la sua scoperta perchè viene ritrovato ucciso da colpi d'arma da fuoco nei pressi di un club. Mac, Stella e Flack arrivano sulla scena e interrogano l'ultima persona vista in compagnia della vittima, una tale Laura Roman.
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Danny e Flack indagano sull'omicidio di tre trafficanti di droga: i criminali erano in procinto di affrontare il processo e stavano cercando di eliminare i testimoni chiave che li abrevvero incriminati, tuttavia qualcuno li ha preceduti.
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La squadra della scientifica indaga su una scena del crimine un po' particolare, una casa galleggiante sul fiume e le indagini li conducono a un gruppo di persone coinvolte in un gioco di segreti che potrebbe rivelarsi fatale.
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Nel centesimo episodio della serie, il team si trova ad affrontare un serial killer che si aggira per le strade di New York; l'assassino ha già fatto due vittime, entrambe con lo stesso nome: Mac Taylor. La squadra deve riuscire a fermarlo prima che Mac e altre 15 persone diventino il prossimo obiettivo del maniaco.
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La squadra della scientifica trova le ossa di una vittima in un posto insolito; Lindsay dà a Danny delle notizie inaspettate.
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Un furgone blindato viene assalito e una guardia viene ritrovata morta. Durante le indagini sulla scena del crimine, la squadra viene ostacolata da uno strano campo di forza comparso nell'area. Nel frattempo Danny ha una domanda in serbo per Lindsay...
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Mac s'imbatte in Ella McBride e potrebbe costargli del tempo prezioso per scoprire la causa della morte di Isabelle Vaughn. Nel frattempo Stella finisce nei guai...
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La vendita di un abito da sposa finisce in tragedia. Il nuovo caso di Sheldon lo tocca da vicino e gli offre le risposte a una questione irrisolta del sou passato.
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Mac e la sua squadra indagano sulla morte di un allenatore di wrestling ritrovato in pezzi per tutta New York. A peggiorare le cose, durante l'interrogatorio di uno dei lottatori condotto da Flack, l'uomo muore improvvisamente.
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Due casi all'apparenza distinti (un omicidio e una scomparsa) confluiscono in un'unica indagine che riguarda un traffico di schiave. Flack torna in servizio attivo dopo essere stato riabilitato dalle recenti accuse.
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Stella si trova contemporaneamente sulla scena di un crimine e ad un evento di beneficenza, nel frattempo Mac incontra un nuovo nemico.
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Un bulbo oculare cade giù dal cielo e la squadra deve scoprire a hci appartiene e recuperare il resto del corpo prima che gli uccelli banchettino allegramente.
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Una bomba esplode e la squadra è impegnata a ricomporre il puzzle dei frammenti esplosi per rintraccare il dinamitardo.
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Un ex membro della squadra di Mac viene ritrovato morto e durante le indagini la squadra porta alla luce un traffico di eroina.
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La squadra è incaricata di indagare sull'omicidio di un Nativo Americano, ucciso sulla metropolitana.
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Durante le indagini su una sparatoria avvenuta in un teatro vuoto, Stella si rende conto che la scena del crimine è stranamente familiare...
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La squadra di New York indaga su un caso di omicidio che però si complica ulteriormente quando il cadavere scompare. Mac deve riconsiderare la qualifica del caso e trattarlo come se fosse una persona scomparsa.
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La più esclusiva mostra di preziosi dell'anno si trasforma in tragedia quando uno degli stimatori di gioielli viene ucciso durante la manifestazione. Le indagini prendono una piega drammatica quando la squadra si trova a confronto con la più grande tragedia della storia: l'Olocausto.
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La squadra riapre un caso vecchio di due anni per chiarire l'innocenza di una persona. Nel frattempo Lindsay ritorna dal Montana.
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Stella finisce in grossi guai dopo che Mac scopre che non ha eseguito un diretto ordine.
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Nel finale di stagione la squadra si occupa di un caso che riguarda uno di loro.
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