La terza stagione della serie televisiva CSI: New York (3), composta da 24 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 20 Settembre 2006 al 16 Maggio 2007. Disponibile in Italia dal 14 Settembre 2007 al 19 Marzo 2008.
Trama di CSI: New York 3. Delitti inspiegabili e crimini efferati sembrano non mancare mai nella città di New York. Ancora una volta è compito della squadra CSI gettare luce sui misteri e trovare i responsabili. Alcuni casi ci permettono di saperne qualcosa di più sul passato dei personaggi, mentre altri procurano non pochi guai a Sheldon e Mac, che rischiano di essere ingiustamente accusati.
Il cadavere di Sam McFarland viene trovato sul ponte di Brooklyn. L'uomo aveva realizzato una scritta, usando le luci di un grattacielo di Manhattan, per una romantica proposta di matrimonio. Il secondo caso riguarda il pestaggio e l'uccisione di una ragazza. Le mani della vittima sono state infilate dentro due cuscini, forse guantoni da boxe improvvisati.
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Durante una rapina in una gioielleria, effettuata da tre criminali vestite come Audrey Hepburn nel film "Colazione da Tiffany", uno degli impiegati rimane ucciso. Nel finale Lindsay decide di offrirsi per una missione molto pericolosa. Intanto, durante alcuni lavori di demolizione, un operaio scopre il corpo mummificato di una donna. Il marito della vittima aveva denunciato la scomparsa della donna tre settimane prima e, nonostante l'autopsia mostri che la donna è morta per cause naturali, Mac è convinto che si tratti di omicidio.
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La modella Tonya Nettles viene trafitta all'addome durante il party per il lancio promozionale di un nuovo prodotto di cui è testimonial; Danny, Lindsay e il detective Flack cercano di far luce sull'omicidio. Mac, Stella e Sheldon intanto indagano sulla morte di un maratoneta di New York. L'uomo è probabilmente stato avvelenato, ma ci sono diversi punti oscuri, tanto più che vicino alla bocca si trovano dei segni di congelamento e viene rilevata la presenza di uova di pesce sul cadavere.
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Un serial killer si prende gioco di Mac e la sua squadra: tutte le sue vittime infatti indossano delle strane magliette con figure simboliche della mitologia greca ed altri misteriosi codici da decifrare. La chiave del mistero potrebbe nascondersi in un sito internet.
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Danny, Lindsay e Sheldon cercano di scoprire chi ha assassinato una giovane appartenente alle Suicide Girls. La soluzione del caso potrebbe trovarsi nella parte mancante di un tatuaggio. Nel frattempo, Mac, Stella e Flack si occupano della morte di un senzatetto molto noto nella sua zona per essere un eccellente giocatore di basket.
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Sara Jackson, giovane dipendente di un albergo, viene uccisa poco dopo un diverbio con la modella Mandi Foster, ospite dell'hotel per un servizio fotografico. Mentre Mac e la sua squadra lavorano sul caso, la loro attenzione è richiamata da alcuni spari in una abitazione vicina. Sul posto viene trovata una donna in stato di shock accanto ai cadaveri del marito e di un altro uomo.
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Mac, Lindsay e Sheldon devono capire cosa ha provocato l'improvviso dissanguamento di una ragazza durante un inconsueto party in metropolitana. Il dottor Hawkes viene allontanato dal caso dopo aver nascosto agli altri che conosceva la vittima. Stella, Danny e Flack indagano invece sull'annegamento di Grant Jordan. L'autopsia rivela una statuina per torte nuziali in uno dei bronchi della vittima.
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Durante un gioco, in cui ci si insegue sparando proiettili di vernice, uno dei giocatori muore colpito da un proiettile vero. Il rivale viene subito sospettato in seguito alla sua misteriosa sparizione. La situazione di complica quando vengono trovate intorno alla ferita della vittima delle tracce di un particolare tipo di cocaina che Flack ed i suoi uomini avevano confiscato mesi prima e che non dovrebbe più trovarsi in circolazione. Sulla scena del crimine viene anche rinvenuto un oggetto che non è di questo pianeta. Nel frattempo, Stella confida a Mac di sentirsi pedinata da qualcuno.
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Una ragazza, da poco uscita dal coma, viene soffocata nel suo letto d'ospedale. La vittima era rimasta coinvolta pochi giorni prima in un incidente in cui era morta una sua amica. Il caso riapre vecchie ferite nella memoria di Sheldon, che dovrà fare i conti con i fantasmi del suo passato e con i dolorosi eventi che lo portarono ad abbandonare la professione medica.
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Mac, Danny e Flack indagano sulla morte di un paracadutista, schiantatosi al suolo dopo essere stato investito da uno stormo di piccioni viaggiatori. Quello che preoccupa maggiormente gli investigatori è il fatto che i piccioni risultano essere avvelenati e che sulle loro piume si trovano tracce di sangue di un delitto consumato altrove. Il secondo caso riguarda Edward Archerson, trovato morto nella Mercedes che aveva appena acquistato come regalo di compleanno per la figlia sedicenne.
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Sheldon Hawkes si trova nei guai: è accusato di aver derubato e ucciso una barista. Viene infatti arrestato a pochi isolati dal luogo del delitto con i soldi della rapina, e il suo aspetto sembra coincidere con la descrizione fornita da un testimone. Ad aggravare il tutto, vengono trovati dei residui di polvere da sparo sulla sua mano. Mac e gli altri cercano di capire chi possa avere incastrato il loro collega.
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Una ragazza sorda viene uccisa nel suo appartamento con un colpo di fucile. L'unica testimone è la madre, anch'essa sorda, che ha percepito fisicamente la vibrazione prodotta dall'arma da fuoco. Mentre Mac, Sheldon e Flack si occupano del caso, Stella e Danny indagano sulla morte di Mackenzie Wade, giovane promessa del pattinaggio, trovata morta da una sua amica, la campionessa Krista Palmer.
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Durante una bizzarra corsa con i carrelli della spesa, uno dei partecipanti viene trovato morto con una targhetta del prezzo attaccata allo stomaco e i segni di un colpo alla testa, apparentemente sferrato da un piede femminile. Le indagini porteranno a sospettare sia gli avversari della vittima che una componente della sua stessa squadra. Il secondo caso riguarda l'omicidio di un facoltoso agente immobiliare, trovato morto in un appartamento disabitato e legato con corda e nastro adesivo.
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Una drag queen viene trovata morta annegata nel bagno di un hotel. L'omicidio potrebbe essere connesso ad uno stupro avvenuto otto anni prima. Un altro cadavere viene rinvenuto dentro un camion spargisale: tutti i sospettati sembrano avere un alibi, ma c'è qualcosa di poco chiaro in tutto ciò.
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Stella e Danny indagano sull'omicidio di Jeff Zegers, vigilante di un negozio di lusso sulla Fifth Avenue. La prima sospettata è Ava Brandt, un'abile ladra professionista. Nel frattempo Mac e Sheldon sono alle prese con l'accoltellamento di uno studente in un labirinto di siepi: il ragazzo potrebbe aver pagato a caro prezzo la sua curiosità riguardo i segreti di una confraternita.
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Un discografico viene trovato morto dissanguato nel suo appartamento e sua sorella, unica testimone della vicenda, racconta di una misteriosa donna che li avrebbe aggrediti. Durante la raccolta delle prove Stella si ferisce accidentalmente con un vetro insanguinato: la cosa si trasforma in un incubo quando scopre che la vittima era sieropositiva. Nel frattempo, Danny e la detective Angell devono risolvere il caso di Diane Langdon, trovata morta in una vasca da bagno. Sulla scena del crimine c'è il frammento di un proiettile, ma la donna non presenta ferite d'arma da fuoco.
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Mac, Danny e Flack indagano sull'omicidio di un uomo, con un passato da truffatore, che aveva iniziato da qualche tempo a predicare la venuta di un nuovo diluvio e aveva convinto alcune persone a finanziare il suo progetto di costruzione di un'arca. Stella intanto, ancora angosciata dalla possibilità di aver contratto l'HIV, lavora con Sheldon al caso di Jason Williams, morto bruciato in strada mentre indossava un costume a forma di sigaretta.
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Mac e la sua squadra indagano su due omicidi, avvenuti poco dopo l'arrivo dell'illusionista Luke Blade a New York. L'assassino infatti sembra essersi ispirato alle sue esibizioni, tagliando a metà una vittima e bruciando l'altra. Unica assente è Lindsay: la ragazza si trova in Montana per testimoniare al processo contro l'uomo che, dieci anni prima, uccise tre sue amiche.
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Un'insegnante di francese muore avvelenata durante una festa di beneficenza in costume, posando come Maria Antonietta sulla ghigliottina. Lindsay, tornata a New York, lavora con Danny al caso di Alec Green, famoso chef trovato ucciso nella cantina del suo ristorante. Indizio chiave risulterà essere uno scarafaggio, rinvenuto nella bocca della vittima.
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Un uomo viene trovato morto in Central Park con addosso un'armatura da cavaliere medievale. Il caso appare collegato a quello di Bobby Smith, ucciso in una camera d'albergo: sulle palpebre dei due uomini sono state infatti rilevate le impronte della stessa persona. Mac accorre invece da Peyton, colpita alla testa da qualcuno che ha poi sottratto un corpo dal furgone del coroner.
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Mac, Stella e Flack indagano sull'omicidio di Emma Pierce, caso che diventa una questione personale per Mac quando riconosce, nei segni sulla vittima, l'inconfondibile firma del serial killer Clay Dobson. Il secondo caso coinvolge Danny, Sheldon e Lindsay che devono capire chi ha ucciso con del veleno Scott Colson, un ragazzo con precedenti di spaccio e furto legati alla mafia russa.
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Un adolescente muore dopo essersi lanciato con delle ali legate alle schiena. Il ragazzo voleva infatti esibirsi per un sito internet dedicato alle imprese estreme. Intanto il detective Scotty Valens arriva a New York per indagare sul passato di Stella e su un delitto irrisolto di 10 anni prima. Le cose non vanno bene per Mac, che viene messo sotto inchiesta dopo la morte del serial killer Clay Dobson.
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L'omicidio di un uomo appare essere collegata al grande campione di tennis John McEnroe. L'uomo tuttavia ha un solido alibi. Sarà compito della squadra CSI capire come è possibile che ci siano delle tracce del suo sangue sul luogo del delitto. Il processo di Mac continua e sembra che alcuni vogliano trarre vantaggi politici da tutta la vicenda. Inaspettatamente, Mac riceve delle preziose informazioni che lo aiuteranno.
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Quando Flack ed i suoi uomini confiscano un'enorme quantità di cocaina ad una organizzazione criminale irlandese, per tutta risposta i trafficanti prendono in ostaggio Danny, Adam e altri agenti. Nel frattempo si introducono nei laboratori per recuperare la droga, facendo evacuare l'edificio con una simulata fuga di gas. Sarà compito di Mac, Stella e Sheldon cercare di fermarli.
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