La dodicesima e ultima stagione della serie televisiva Bones, composta da 12 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 3 Gennaio 2017 al 28 Marzo 2017.
Brennan è stata rapita dal Zack, il suo ex assistente finito in prigione per aver collaborato con un serial killer. Booth e il team lavorano per rintracciarla, intanto Zack spiega a Bons perchè l'ha rapita.
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Il team sta indagando sulla morte di un uomo che ha inventato un'intelligenza artificiale e bisogna stabilire se è stato ucciso proprio dalle sue stesse invenzioni.
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Bones, Booth e gli altri sono alle prese con omicidio di un uomo anziano i cui resti sono stati ritrovati in una discarica di acido. Per risolvere l'omicidio dovranno indagare su quello che succede in una casa di riposo.
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Il padre di Aubrey si fa nuovamente vivo mentre il team indaga sull'omicidio di qualcuno che Booth e Brennan conoscevano.
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Un tutore di studenti privilegiati viene ritrovato morto e il team indaga sui possibili sospetti tra cui un coinquilino con un passato criminale.
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Booth e Brennan stanno indagando sull'omicidio di una taglialegna che prima era una giocatrice di golf. Durante le indagini vengono a galla numerosi segreti che potrebbero essere la causa della morte della vittima, compreso una storia d'amore con una rivale sposata.
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Booth deve passare al setaccio il suo passato quando alcuni cadaveri ritrovati sono collegati alla sua vecchia unità dell'esercito. Brennan intanto è preoccupata per via di suoi padre e non sa se può fidarsi di lui visto che le ha nascosto un'operazione chirurgica alla quale si è sottoposto.
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Un killer, tormentato dai suoi ricordi, viene catturato quando cerca di usare un cimitero per seppellire, vive, le sue vittime. Il killer osserva come il team porta alla luce verità sul suo passato e in preda alla furia dichiara che gli farà guerra pur di fermarli.
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Boothe, Brennan e Aubrey stanno lavorando sotto copertura per indagare sulla morte di un uomo che all'apparenza sembra avvenuta per un incidente.
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Il team sta indagando sull'omicidio di un regista/scrittore il cui corpo è caduto su un auto in movimento.
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Booth cerca di proteggere se' stesso e i suoi cari quando Kovac riesce a scappare e a mettere in moto un piano estremamente pericoloso.
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Grazie al fatto che Booth è riuscito a disarmare una delle bombe nel laboratorio, Bones, Angela, Booth e Hodgins riescono a salvarsi senza troppe ferite, ma Temperance ha un problema con la memoria e non riesce ad elaborare informazioni elaborate, questo vuol dire che per trovare dove Kovac si sta nascondendo il team dovrà affidarsi al lavoro di tutti gli assistenti di Bones che si sono riuniti per darle una mano. Alla fine si scopre che la moglie di Kovac è in realtà sua sorella e sua complice e grazie al lavoro del team il caso è chiuso una volta per sempre. Il laboratorio entra in fase di ristrutturazione, Camille e Arastoo adottano tre ragazzini e lasciano temporaneamente il laboratorio nelle mani di Hodgins, Bones e Brennan continuano con la loro vita, tra famiglia e criminali da mettere in gabbia e Aubrey rimane in città con una nuova promozione.
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