Alias - Stagione 3

Sydney ha una grave amnesia che le impedisce di ricordare cosa le è successo negli ultimi due anni. Tornata negli Stati Uniti si trova di fronte una realtà che è completamente diversa da quella che ha lasciato: Dixon è il direttore della CIA, Sloane è un uomo libero a capo di un'organizzazione umanitaria, suo padre è in prigione e non le è consentito vederlo, Will è nel programma di protezione dei testimoni, ma la cosa più dura da affrontare è il matrimonio di Vaughn con un'altra donna. Sydney ottiene un permesso speciale dalla CIA per seguire un'operazione che potrebbe darle degli indizi su cosa le è successo due anni fa.

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Sydney cerca di ottenere delle informazioni da Sark, che al momento è nelle mani della CIA nel tentativo di ricordare gli ultimi due anni della sua vita. La Convenzione, una nuova organizzazione terroristica, chiede uno scambio: Sark in cambio di due scienziati rapiti in precedenza e Sydney è costretta a organizzare la trattativa suo malgrado.Jack è convinto che Sloane abbia avuto a che fare con la sparizione di sua figlia e lo accusa di essere ritornato ai vecchi metodi. Sydney fa la conoscenza di Lauren Reed, la moglie di Vaughn.

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Sydney e Vaughn ritornano in missione insieme per impedire a Sark di distruggere il sistema di comunicazione satellitare nazionale. Marshall sta lavorando su un video che potrebbe identificare l'assassino di Lazarey e Jack fa in modo da sabotare il suo lavoro. Sydney accompagna Lauren ad un incontro con Sloane,ma non riesce a capacitarsi del nuovo ruolo che Sloane ricopre nella società.

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Sydney si infiltra in un gruppo che ha lo scopo di impossessarsi di armi biologiche. Mentre è sotto copertura si trova davanti Simon Walker, il capo dei terroristi, che la riconosce come Julia. Adattandosi alla nuova svolta della situazione, Sydney cerca di scoprire ulteriori informazioni da Simon, fingendo di essere la donna che lui ricorda. Vaughn comincia a risentire del ritorno di Sydney e non può fare a meno di provare ancora dei sentimenti nei suoi confronti, consapevole che il suo matrimonio ne sta già risentendo.

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La vita di Vaughn è appesa a un filo e Lauren si scontra con Sydney dopo avere saputo la parte che Sydney ha avuto nell'accoltellamento di Vaughn. Sloane viene rapito da Kazari Bomani, l'uomo che Sark ha aiutato a fuggire di prigione e che ora rappresenta la Convenzione. In seguito a questo fatto, i sospetti di Sydney nei confronti di Sloane non fanno che accentuarsi.

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Sydney è sconvolta quando si trova faccia a faccia con Allison, la sosia di Francie, che credeva morta e che ora è una figura chiave nella Convenzione. Nel frattempo Lauren è ancora alla ricerca dell'assassino di Lazarey e scopre un possibile legame con Sydney. Sloane richiede un cambio di protocollo alla CIA e insiste che Sydney diventi il suo nuovo contatto.

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Jack ricorre a misure estreme per fare in modo che il CSN non scopra mai la verità sull'assassinio di un diplomatico russo compiuto da Sydney. Ma la sua condotta crea una notevole tensione nel matrimonio di Vaughn e Lauren che è sempre più vicina a scoprire la verità. Nel frattempo, Sydney accetta malvolentieri di andare in una missione con Sloane; l'obiettivo è il sistema operativo di un'arma mortale. Durante la missione, Sydney scopre di avere un alleato misterioso che le fornisce degli indizi che riguardano la sua amnesia.

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Sydney viene tenuta in custodia dal CSN in una prigione di massima sicurezza e a Jack e Vaughn non rimane altra scelta che allearsi con Sloane per cercare di salvarla. Intanto, Lauren, è chiamata per testimoniare durante gli interrogatori di Sydney, ma dopo aver assistito al modo disumano in cui la stanno trattando, decide di aiutare suo marito a farla evadere.

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Dopo aver fatto una terribile scoperta nel deserto, Sydney accetta di sottoporsi ad una procedura sperimentale condotta da un medico piuttosto stravagante per riuscire a recuperare la memoria perduta. La procedura è molto rischiosa e Sydney rischia di morire, ma è determinata ad affrontarla pur di riappropriarsi della sua vita. Durante l'esperimento, Sydney scopre una verità inquietante sepolta nel suo subconscio.

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Per scoprire l'identità del misterioso St. Aidan, Sydney ritira un vecchio amico dal programma di protezione dei testimoni. Will e Sydney si recano in missione insieme e mentre sono sotto copertura, si scontrano con un vecchio nemico che ha rovinato la vita ad entrambi. Sark rapisce suo padre che in un primo momento non lo riconosce. Lindsey, dopo lo smacco subito per l'evasione di Sydney, arresta Jack e Vaughn con l'accusa di complicità e nel contempo, ricatta Sloane costringendolo a organizzare un piano per uccidere Sydney.

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Quando il Dipartimento Ricerche Speciali si impossessa del Cubo di Rambaldi dalla CIA, Sydney crede di aver perso un'altra chance per capire cosa sia accaduto nel suo passato. Tornata a casa, Sydney viene narcotizzata e rapita per poi svegliarsi a bordo di un aereo in compagnia di Kendall. L'agente federale informa Sydney di essere a conoscenza di ciò che le è accaduto due anni fa. Dopo che Sydney pretende di conoscere la verità, Kendall le mostra un video scioccante dove la stessa Sydney chiede a Kendall di non rivelare mai ciò che le è successo. Purtroppo ormai la situazione è degenerata e Kendall non può più mantenere il segreto: il destino di Sydney è collegato alla profezia di Milo Rambaldi.

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Sydney e Vaughn partono in missione per salvare Leonida Linseker, una talpa nella Convenzione che vuole consegnarsi agli Stati Uniti in cambio di informazioni che potrebbero indebolire la Convenzione. Vaughn tratta Sydney con freddezza su suggerimento di Jack, cercando di rendersi odioso per facilitare le cose per Sydney. Tuttavia la tattica non ha i risultati sperati e alla fine i due trovano un accordo per poter andare avanti. Lauren è costretta a mettere in atto misure estreme contro Sydney e Vaughn; nel frattempo Jack contatta Irina per farsi aiutare nel salvataggio di Sydney. Irina accetta di aiutare Jack mandandogli un misterioso contatto che ha i mezzi per salvare Sydney... ad un prezzo molto alto.

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Sydney e Vaughn devono recuperare l'agenda Doleac, un libro che contiene in dettaglio i piani della Convenzione, nonché i nomi dei capi delle sei cellule. Lauren e Sark uniscono le loro forze per uccidere i capi delle sei cellule prima che la CIA metta le mani su di loro.

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Vaughn e Sydney hanno l'incarico di rintracciare una potente bomba al plasma, ma vengono ostacolati da Sark e Lauren anch'essi sulle tracce del pericoloso ordigno. Sloane e Judy Barnett intraprendono una relazione che va ben oltre il rapporto medico-paziente e in un momento di intimità, Sloane rivela il suo segreto a Judy: Irina Derevko è stata la sua amante.

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LA CIA intende catturare un pericoloso terrorista fabbricante di bombe Daniel Ryan. Per riuscirci lo attira in una trappola facendogli credere di essere la Convenzione. Sydney, grazie all'aiuto di Leonida, si finge un agente della Convenzione che vuole ordinare gli ordigni creati da Ryan. Vaughn si trova insieme a Sark a bordo di un aereo dove è stata piazzata una bomba che solo Ryan può disinnescare e Sydney a questo punto, deve rivelare di non essere della Convenzione per sperare di farlo cooperare.

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Dixon deve fronteggiare il suo peggiore incubo quando i suoi figli vengono rapiti dalla Convenzione. Costretto a rassegnare temporaneamente le dimissioni come direttore, Dixon si affida all'aiuto di Sydney per portare a compimento un disperato tentativo di salvataggio dei propri figli La Convenzione ha richiesto il cubo di Rambaldi come riscatto per la vita dei suoi bambini e Dixon organizza un piano insieme a Sydney per poter infiltrarsi nella base dove sono tenuti in deposito tutti i manufatti di Rambaldi. Sloane scopre di essere stato incastrato e usato come agente dalla Convenzione. Ma dimostrare la sua innocenza sarà un'impresa ardua, specie tenuto conto dei suoi precedenti.

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Vaughn decide di separarsi da Lauren, ma sua moglie, che non vuole rinunciare senza lottare, è disposta a qualsiasi cosa pur di rimanere in una posizione privilegiata per ottenere informazioni. L'unica speranza di assoluzione di Sloane viene meno quando Jack scopre la verità sulla relazione tra Sloane e Irina.

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Mentre Lauren cerca di dimostrare il suo valore alla Convenzione, Sydney parla dei suoi sospetti su Lauren a Vaughn. Vaughn si rifiuta di ascoltare, convinto che Sydney sia paranoica, ma poi i suoi dubbi cominciano a infittirsi e decide di seguire sua moglie per scoprire delle prove. Nel frattempo, Kazari Bomani ordina a Sark di uccidere Lauren.

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Sydney riceve il più grande shock della sua vita quando scopre l'identità del Passeggero. Sydney si getta a testa bassa in una missione disperata per trovare il manufatto di Rambaldi che può rintracciare sua sorella, purtroppo l'unica persona in grado di poterla aiutare è Sloane, che sta per essere giustiziato nel giro di settantadue ore.

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Grazie ad un audace piano di Jack, Sloane sopravvive all'esecuzione e insieme a Sydney cercano di rintracciare il Passeggero. Vaughn viene a conoscenza di una sorprendente verità che riguarda suo padre, ma viene rapito da Lauren e Sark che lo sottopongono al protocollo inferno per ottenere informazioni sul Passeggero.

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Con l'aiuto di Katya Derevko e dell'esperta di sistemi di sicurezza Toni Cummings, Sydney e Vaughn tentano di arrivare a Sloane per poter liberare Nadia. Anche Lauren e Sark sono sulle loro tracce e disgraziatamente arrivano prima. I due costringono Sloane a torturare Nadia per ottenere la trascrizione del codice Rambaldi, ma Sloane ha ben altri piani in mente che uccidere sua figlia appena ritrovata. La sete di vendetta di Vaughn nei confronti di Lauren inizia a consumarlo proprio quando deve rimanere lucido per aiutare Sydney ad affrontare un vecchio nemico.

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Lauren è artefice di una spettacolare messa in scena e Vaughn si trova faccia a faccia con i suoi peggiori demoni durante l'inseguimento di sua moglie. Nadia deve decidere se potersi fidare di suo padre per recuperare il più prezioso manufatto di Rambaldi. Sydney riceve una rivelazione sconvolgente che le farà mettere in discussione tutto quello che credeva di conoscere.

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