Alias - Stagione 2

Syd tenta di mettere ordine nella sua vita, cercando di venire a patti con il fatto che sua madre è di nuovo nella sua vita e che Will ha scoperto la sua vera identità. Inoltre, le ricerche per scoprire dove si trova Vaughn non stanno dando buoni risultati. L'articolo di Will sull'SD-6 viene pubblicato e Jack propone un'alternativa alla sua eliminazione a Sloane. Purtroppo l'univa via di uscita per Will comporta la fine della sua carriera come giornalista.

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Irina Derevko si è consegnata nelle mani della CIA per collaborare, a patto di poter parlare con una sola persona: sua figlia. Jack è ovviamente contrario alla cosa, ma dopo che una missione fallisce miseramente, Sydney accetta di vedere Irina e di parlarle.

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Sark sta per lanciare un satellite-spia in orbita e Sydney si rivolge a sua madre perché l'aiuti a sabotare il lancio. Durante la loro collaborazione Sydney riesce a scoprire un importante segreto. Nel frattempo Vaughn e Will si incontrano per la prima volta.

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Sloane sospetta che Emily potrebbe essere ancora viva e chiede aiuto a Jack per esaminare la questione. Durante un incontro di terapia di gruppo, Will incontra una donna che sostiene di conoscere la verità sull'SD-6. Jack cerca di convincere Syd sul fatto che Irina stia tentando di ingannarli e tenta di dimostrarlo in ogni modo.

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Jack decide di sabotare l'ultima missione di Sydney per incastrare Irina, ma il suo piane si ritorce contro di lui perché non fa che avvicinare maggiormente Syd a sua madre. Tuttavia i servizi segreti credono che sia stata effettivamente Irina a mettere in pericolo la missione e decide di rinviarla a giudizio. Il tribunale la condanna a morte. Vaughn però, comincia a raccogliere informazioni che gli fanno sospettare la verità del ruolo di Jack nell'intera faccenda.

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Jack si rende conto che sta per perdere la fiducia di sua figlia, questa volta per sempre e compie un sacrificio estremo per dimostrarle che ha compreso i suoi errori. Vaughn chiede aiuto a Will per ottenere delle informazioni su un esperimento governativo. Sydney e Vaughn vengono convocati dall'Agenzia che li sottopone a dei test clinici per verificare se sono stati infettati dal virus mortale mentre si trovavano a Taipei.

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La vita di Vaughn è appesa a un filo e per trovar una cura Sydney è costretta a scendere a patti con Sark. Ma quando Sark chiede a Syd la testa di Sloane in cambio di un antidoto, Sydney deve prendere una decisione che potrebbe svelare la sua doppia identità.

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Sark ha stretto un'alleanza con l'SD-6, ma rassicura Sydney dicendole che non ha nessuna intenzione di rivelare il suo vero ruolo. Sydney purtroppo non ha altra scelta che accettare la cosa. Sloane e Sark stanno per consegnare delle armi nucleare nelle mani di alcuni terroristi, e solo Irina ha la possibilità di fermarli.

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Sydney parte in missione con i suoi genitori, ma l'atmosfera è tesa e Jack non si fida affatto di Irina. Tuttavia dovrà ricredersi quando la sua stessa vita si trova nelle mani della sua ex moglie. I Bristow riescono a infiltrarsi in un campo militare dove sono tenute le armi nucleari, ma nel frattempo Vaughn deve impedire che l'edificio venga bombardato dall'aviazione.

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Sark è messo alle strette ed è costretto a collaborare con Sydney nel tentativo di recuperare un sofisticato sistema di sicurezza. Il piano fallisce e nella prossima missione Sydney dovrà portare con se Marshall, che si troverà in prima linea per la prima volta.

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Quando Sydney viene a sapere che Marshall è stato rapito lascia perdere il protocollo e fa di tutto per salvarlo. Anche Dixon si unisce alla sua missione di salvataggio e i due riescono ad arrivare appena in tempo per evitare il peggio. La CIA sta tentando di impedire all'SD-6 di avere accesso a un segretissimo sistema di sicurezza, ma l'unica in grado di aiutarli è Irina.

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Sydney e Vaughn decidono di infrangere le regole e andare a cena insieme, ma ovviamente le cose non sono mai semplice per la povera Sydney. All'SD-6 è arrivata Ariana Kane che sta indagando sulle strane "manifestazioni" di Emily. Ariana è convinta che Jack non sia chi dice di essere e comincia a concentrare su di lui le sue indagini.

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Sloane scompare misteriosamente e un nuovo capo prende il suo posto all'SD-6, complicando le vite di Sydney e Jack. Mentre i Bristow cercano di tenere al sicuro il proprio segreto, Will e Francie si scoprono attratti l'uno dall'altra. Sydney scopre un importante punto debole che potrebbe sconfiggere l'intera Alleanza, ma prima di metter in azione il suo piano, Sydney deve dire la verità a Dixon.

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Una giovane agente muore sotto gli occhi delle telecamere e i sospetti cadono subito sul suo partner, l'agente Jim Lennox. In realtà Lennox è innocente ed è rinchiuso in una prigione. Sydney riesce a salvarlo e prova simpatia per Jim che ha appena perso la donna che amava. Vaughn e Jack scoprono che Lennox stava dando la caccia ad una nuova tecnologia che permette alle persone di cambiare il proprio aspetto e Sydney deve scoprire se Jim è veramente chi dice di essere.

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Finalmente Sydney ha l'opportunità di lasciare la CIA ma un'improvvisa telefonata di Sloane insieme al rapimento di un brillante matematico la riportano in azione.

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Quando Sloane mette le mani su un'arma terrificante, Sydney si rivolge a Dixon per chiedergli aiuto, tuttavia il suo ex partner è ancora troppo amareggiato da quello che è successo e si rifiuta di collaborare.

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Sydney scopre che Vaughn è sotto indagine in quanto sospettato di essere un doppio agente e si incontra con lui per chiedergli la verità. Jack e Irina cominciano a trattarsi in modo più civile e per la prima volta sono d'accordo su qualcosa: il futuro della loro "bambina".

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Dopo il tradimento di sua madre, Sydney è decisa a non lasciarsi più confondere e ingannare da Irina. La prossima volta che si vedranno Sydney non ha intenzione di esitare e si ripropone di catturarla a qualsiasi costo

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Grazie a Echelon, la CIA scopre che la vita di Neil Caplan è in pericolo e Sydney è mandata in missione per soccorrerlo.

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Dixon è devastato dalla morte di sua moglie, ma si rifiuta di lasciare il lavoro, nonostante le sue condizioni mentali destano molte preoccupazioni. Sydney teme che il suo stato alterato possa essere più un danno che un aiuto, ma Dixon non ha intenzione di fermarsi fino a quando Sloane sarà a piede libero.

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Will viene accusato dell'omicidio di Diane, ma in realtà è stata Allison, con le sembianze di Francie, a incastrarlo. Nel frattempo, Irina e Sark scoprono che un ostacolo inaspettato può trasformarsi in una buona opportunità...con la collaborazione di Sydney.

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Sydney ha finalmente una buona occasione per mettere le mani su Sloane, un regalo inaspettato di Irina. Tuttavia questo è solo l'inizio di una serie di eventi che la porta alla scoperta della morte di Francie e a uno scontro brutale con Allison che le cambierà per sempre la vita.

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