Non girano attorno all'argomento del loro documentario ed espongono le loro teorie con una tale sicurezza che ha sollevato un vespaio di polemiche in occasione della presentazione del loro documentario Going Clear: Scientology and the Prison of Belief al Sundance Film Festival. Le ragioni per le quali il film ha suscitato così tante controversie risiedono anche nel fatto che i due autori, Alex Gibney e Lawrence Wright, accusano esplicitamente Tom Cruise e John Travolta di continuare a tacere dei gravissimi abusi ai quali sono sottoposti gli adepti di Scientology. Secondo Gibney, il fondatore del culto decise di insediarsi a Hollywood "proprio perché se c'è una religione alla quale gli americani sono devoti è la celebrità e Hollywood è la capitale della celebrità. Hanno sempre voluto che le star di Hollywood "vendessero" Scientology come si vendono le scatole di cereali"
Cruise in particolare sarebbe un personaggio di importanza vitale per Scientology: "E' il loro testimonial, se chiedi alla gente cosa è Scientology ti risponderanno "non è la religione di Tom Cruise?".
Secondo i due autori, Cruise sarebbe a conoscenza degli abusi perpetrati da Scientology: parlano di situazioni gravissime, come campi di rieducazione in cui i reclusi giacciono sul pavimento, obbligati ad atti degradanti, ma parlano anche di persone che vengono spiate 24 ore su 24, mentre quelli che trovano il coraggio di parlare degli aspetti più nascosti del culto "vengono infangati oppure ricevono lettere denigratorie o vengono messi in imbarazzo con la pornografia"
E a proposito di questi ultimi, i registi hanno parlato anche di Paul Haggis: "Tante celebrità hanno fatto parte della chiesa e ne sono uscite in silenzio per non far sapere che ne erano coinvolte. Paul è stato il primo a fare rumore quando ne è uscito. Era davvero arrabbiato ed è stato un esempio per altri, che hanno riconsiderato la loro appartenenza al culto."
Leggi anche: Paul Haggis contro Scientology