La versione americana di Johnny Stecchino, rilasciata nelle sale e in VHS, è circa 20 minuti più corta rispetto alla versione cinematografica italiana. Furono censurate diverse conversazioni e fu anche tagliata la scena finale con Roberto Benigni e Alessandro De Santis.
La scena in cui Dante, interpretato da Benigni, fa sniffare la cocaina a De Santis, nei panni di Lillo, credendola un farmaco contro il diabete, fu censurata dalle autorità americane per gli espliciti contenuti visivi e per il modo "giocoso" con cui la sostanza viene rappresentata sullo schermo.
Questa decisione deluse Benigni in quanto, almeno secondo lui, la pellicola rappresenta una denuncia sociale, tenta di mostrare la società e la sua ingiustizia, la sua corruzione, la perversione, l'uso di droga da parte di insospettabili esponenti del potere e la totale incapacità di agire in maniera onesta.
Un critico cinematografico ha scritto a proposito di questo aspetto del film: "Il mondo della mafia osservato da Benigni è dunque un mondo che vive nell'alienazione dell'individuo, un mondo capovolto basato sulle apparenze, ma osservato sotto l'ottica del comico: Johnny Stecchino riflette sulla società contemporanea in preda al vizio e all'illusione, sublimandone con una risata l'elemento del dramma e del tragico in esso intrinseco."