Ci furono molti incidenti sul set de Il Signore degli Anelli - La Compagnia dell'Anello, alcuni riguardanti gli attori principali della pellicola, come ad esempio Sir Ian McKellen e le travi di casa Baggins, i denti scheggiati e le onde anomale di Viggo Mortensen e il pericoloso incidente con il pugnale di Liv Tyler.
Il doloroso incontro di Gandalf con una trave del soffitto di legno di casa Baggins non era nel copione. Sir Ian McKellen sbatté accidentalmente la fronte contro la trave ma Peter Jackson pensò che l'attore fosse riuscito a recitare come se l'errore fosse voluto e decise di inserire la scena nel montaggio finale del film.
Durante le riprese la maggior parte dei membri della compagnia iniziarono a fare surf in Nuova Zelanda nel tempo libero, tra loro c'era anche Viggo Mortensen, che un giorno si ferì terribilmente un intero lato del viso. Il giorno successivo, i truccatori tentarono di mascherare lividi senza successo e così Jackson decise di filmare Mortensen da un lato della faccia per l'intera scena.
Mortensen si è anche scheggiato un dente durante le riprese di una sequenza di combattimento, l'attore avrebbe voluto terminare la scena e chiese al regista di usare della colla per sistemare il dente. Jackson si rifiutò, lo portò dal dentista durante la pausa pranzo, lo fece rattoppare e tornò sul set durante il pomeriggio.
Liv Tyler si pugnalò accidentalmente la coscia destra durante le riprese della scena denominata "Se lo vuoi, vieni e prenderlo!" in cui lei e Frodo tentano di seminare i Nazgul. Il filmato della Tyler è stato descritto nella sezione degli Extras e nei Bloopers del DVD de Il signore degli anelli - La compagnia dell'anello.