Da tempo aveva abbandonato le scene - nel 2002 dichiarò pubblicamente di soffrire del morbo di Alzheimeir - e l'ultimo suo decennio di carriera era stato scandito soprattutto da piccoli ruoli e camei. Nonostante questo, Charlton Heston non è stato mai un attore dimenticato dalle nuove generazioni, alcuni suo ruoli - come il Ben-Hur che gli regalò il suo unico premio Oscar nel 1959 o il Mosè de I dieci comandamenti - rimarranno per sempre nella storia del cinema, e anche la sua vita extra-cinematografica - 5 anni da presidente della National Rifle Association, la potente lobby americana dei costruttori di armi - nel bene o nel male hanno sempre lasciato il segno.
Ma Heston è stato un attore vero, non solo una maschera segnata da ruoli leggendari, un attore che ha saputo sempre scegliere il film giusti passando così dall'epica dei film di De Mille (con cui realizzò anche Il più grande spettacolo del mondo) e Wyler ad uno dei capolavori di Orson Welles, L'infernale Quinlan.
Seguiranno tanti altri personaggi storici e drammatici da El Cid a Giovanni Battista, passando per il Michelangelo de Il tormento e l'estasi.
Nel 1968 un nuovo ruolo mitico, quello dell'astronauta George Taylor che approda su Il pianeta delle scimmie, gli permette di cambiare totalmente genere e di diventare a breve un'icona del cinema di fantascienza prima - oltre al film di Schaffner il cui finale è tra i più amati e citati della storia del cinema ci sono anche altri due cult quali 1975: occhi bianchi sul pianeta Terra e 2022: i sopravvissuti - e di quello catastrofico dopo - Airport 75 e Terremoto.
Negli anni '80 tanti thriller e passaggi televisivi (tra cui un breve ruolo in Dynasty) e l'inizio di tante comparsate tra cui il remake Planet of the Apes di Tim Burton e l'involontaria e discussa partecipazione a Bowling a Columbine in cui emergevano le sue idee politiche conservatrici e pro-Bush.