Con il terzo episodio della quarta stagione di Ghost Whisperer, Ghost in the Machine (in italiano Il fantasma Avatar), gli autori sperimentano una strada meno "tradizionale", almeno per quanto riguarda gli archetipi delle ghost stories, e lo fanno con una storia che inizia davanti al monitor di un portatile, quello di Melinda Gordon. La bella antiquaria di Grandview ha alcuni problemi con il suo computer e così chiede a Ned, il figlio di Delia, di aiutarla. Il ragazzo glieli risolve abilmente, e poi mostra a lei ed Eli che è entrato a far parte di una comunità virtuale simile a Second Life, nella quale, dopo aver creato un avatar a lui molto somigliante, interagisce con altri utenti. Mentre il suo avatar saluta un gruppo di ragazze, accanto a loro si materializza quello di un giovane che si fa chiamare Phoenix, e Ned lo riconosce perchè frequenta spesso la community, ed è sempre vestito allo stesso modo, con una camicia gialla e un gilet a quadri, e gli occhiali da geek, con una spessa montatura nera. A quel punto Melinda si rende conto che Phoenix sembra guardare in malo modo l'avatar di Ned, e poi punta lo sguardo su di lei. Sulle prime è solo un'impressione, che però viene confermata da una serie di segnali inquietanti di cui solo lei è testimone. Il portatile si spegne improvvisamente, e in quell'istante, in negozio entra un ragazzo che è identico a Phoenix, ma può vederlo solo Melinda. Il ragazzo sembra allarmato e dice di aver "perso il controllo", ed in effetti si muove come se qualcuno guidasse in maniera sconclusionata i suoi movimenti, tanto che arriva a rompere alcuni oggetti, prima di sparire lanciandosi fuori dalla porta.
Quando Melinda esce fuori dal negozio per vedere che fine abbia fatto, non ha dubbi che possa trattarsi di un fantasma, e sostiene che non sarebbe la prima volta che uno di loro si manifesta tramite un computer. Poco dopo, camminando per strada con Eli e Ned, ritrova Phoenix in un bookstore cafè frequentato da ragazzi, intento ad osservare da lontano una giovane di cui Ned conosce solo il nick virtuale, che è Sedona. Non appena la ragazza si alza per andare via, però, Phoenix sparisce ancora una volta.
In quel momento, Eli sente una voce minacciosa che intima a Ned di lasciar stare la ragazza, e subito dopo, il monitor del suo portatile si chiude improvvisamente. Eli cerca di comunicare con Phoenix, di cui sente la voce - suscitando la curiosità degli avventori del locale, che lo vedono discutere animatamente con qualcosa di invisibile - ma l'unica cosa che riesce a sentire è la sua voce carica di rabbia che gli chiede di essere lasciato in pace. In seguito entrambi si recano al negozio di Melinda per discutere del caso, e mentee Eli si dice convinto che Phoenix sia innamorato di Alise - una ragazza timida e dolce che intrattiene solo amicizie e rapporti virtuali - Ned suggerisce di reperire l'IP del suo avatar per poter scoprire dove è localizzato. Assieme a loro Melinda si avvicina al portatile e dice che tramite il suo avatar - un'affascinante bionda mascherata creata da Ned - ha "controllato" Phoenix tutto il giorno, ma adesso è sparito.
Mentre appoggia le dita sul monitor, Melinda si ritrova improvvisamente nei panni del suo avatar, proiettata in un mondo virtuale, dai colori forti e luminosi. Dopo aver chiesto ad alcuni ragazzi se qualcuno di loro conosce Phoenix, Melinda viene afferrata e lanciata violentemente verso una saracinesca, che si deforma per l'urto. Quando si rende conto che chi l'ha afferrata è proprio Phoenix, intraprende con lui una lotta incredibile durante la quale lei cerca di schivare i suoi colpi saltando in alto, proprio come in un videogame. Durante il "gioco", Melinda cerca di far capire a Phoenix che è morto, e che deve rendersene conto, ma il ragazzo sparisce, e dopo aver sferrato l'ennesimo colpo, la rispedisce nel mondo reale. Subito dopo, a Mel arriva un messaggio di Phoenix che la sfida: "Se vuoi conoscermi meglio, incontriamoci". Nonostante lei non riesca a rispondere a quel messaggio, scopre che l'indirizzo di posta elettronica appartiene ad un'agenzia pubblicitaria.
Mentre Ned rivede Alise al cafè e si confronta con lei su internet e le differenze tra amicizie virtuali e reali, Melinda ed Eli si recano presso l'azienda dalla quale proviene la mail e scoprono che appartiene ad un dipendente di colore. L'uomo afferma che il suo indirizzo gli è stato rubato da un hacker particolarmente abile, che tra l'altro è ricercato dall'FBI per pedofilia.
Subito dopo, Melinda, incontra nuovamente l'entità di Phoenix in strada, e lo vede ancora una volta accanto a Alise. Mel lo affronta duramente e gli dice che sa tutto di lui e di quello che ha fatto a quelle ragazze, ma Phoenix la interrompe per dirle che si sta sbagliando, e che se segue Alise è solo perchè vuole proteggerla. E dopo aver lanciato un ultimo sguardo alla ragazza, che intanto entra nell'auto di una donna che si suppone sia sua madre, sparisce di nuovo.
Qualche istante dopo, insieme ad Eli, Melinda si reca nella casa dell'uomo che si suppone manovri l'avatar di Phoenix (il dottore ha ottenuto l'indirizzo grazie ad una sua amica detective) e i due riescono ad entrare facilmente, perchè la porta è aperta. In una stanza c'è il cadavere di un uomo di una quarantina d'anni, accasciato su una scrivania sulla quale sono poggiati un portatile e alcune foto che lo ritraggono insieme ad Alise. In quel momento Phoenix, appare a Melinda dietro ad una porta a vetri, e mentre la oltrepassa in silenzio, cambia sembianze e si trasforma nell'uomo morto. Melinda si rende conto a quel punto, che l'uomo era il padre di Alise, che frequentava sua figlia online e in incognito per proteggerla.
L'uomo chiede a Melinda di avvertire sua figlia che è in pericolo, ma quando loro provano a farlo, si trovano a dover parlare anche con la madre della ragazza che ovviamente non crede alle loro parole. L'unica cosa da fare per Mel, è tornare di nuovo in quel mondo virtuale, con un nuovo avatar e con l'aiuto del padre di Alise. In pochi istanti Melinda si trova catapultata in un locale frequentato da numerose persone, ognuna delle quali impegnata in diverse attività o giochi virtuali. Quando vede Alise seduta su un divano insieme ad un uomo, non riesce ad avvicinarsi a loro, perchè sono protetti da una barriera invisibile. Parlandole - e cercando di avvisarla che non può oltrepassare quella barriera, perchè si tratta di una chatroom privata - Eli riporta Melinda indietro nel mondo reale.
Nel frattempo Alise è al bookstore cafè e sta parlado con un ragazzo di nome Cal - lo stesso che si nascondeva dietro l'avatar visto da Melinda - e scopre che anche lui era nello stesso locale, ma è dovuto andare via. Al telefono però, la invita a passare la serata con lui e gli amici, e le dice che manderà suo fratello più grande a prelevarla.
Si tratta di un individuo strano, e Alise se ne rende conto, ma si lascia persuadere a salire in macchina con lui, non prima di aver preso una piccola borsa di pelle che aveva in casa, ricordo di straordinarie e bellissime giornate trascorse insieme a suo padre. La ragazza sale in macchina con l'uomo e non sente le urla dello spettro di suo padre che la implora di scendere. Grazie all'abilità di Ned, e con l'aiuto della polizia, Melinda ed Eli riescono a rintracciare l'abitazione in cui vive quest'uomo, che poi si rivela la stanza di uno squallido motel, piena di foto di giovani ragazze ritratte in pose erotiche. A quel punto i due si mettono sulle tracce di un minivan blu scuro, segnalato dal fantasma del padre di Alise, che è disperato, perchè si sente impotente di fronte a ciò che sta accadendo a sua figlia. Melinda però gli spiega che grazie al suo amore, potrebbe riuscire a fermare quell'uomo.
Mentre Alise viaggia insieme a Cal, si rende conto che la sta portando in una zona isolata e l'uomo le rivela con cinismo la sua vera natura: "Si tratta solo di qualche foto" - le dice sprezzante, indicandole una scatola piena di obiettivi fotografici - "E lo sapevi benissimo anche tu. Non far finta che non lo sapevi."
In quel momento, lo spettro del padre di Alise - che nel frattempo stringeva a sè la sua borsa, impaurita - riesce ad entrare in macchina, e la sua presenza diventa tangibile. Prima fa squillare il cellulare di sua figlia - e la ragazza è davvero sorpresa di leggere il nome di suo padre sul display del telefono - ma Cal glielo getta via. Poi riesce a far perdere il controllo dell'auto all'assalitore di sua figlia, che riesce finalmente a sfuggirgli e ad uscire dal veicolo dopo avergli sferrato un calcio. In quel momento arriva la polizia, che dopo aver accerchiato l'auto riesce ad ammanettare Cal e ad arrestarlo.
Mentre Eli prende in giro la sua amica detective, che si chiede come abbiano fatto a rintracciare un pedofilo al quale l'FBI dava la caccia da un anno, Melinda si trova a parlare con Alise e sua mamma. La donna non è ancora del tutto convinta che lo spirito del suo ex-marito abbia avuto un ruolo determinante nella cattura di Cal, ma Alise sì. E grazie a Melinda riesce a confrontarsi con suo padre per l'ultima volta, prima che lui raggiunga la Luce e le riveli che era lui Phoenix, il ragazzo con il quale parlava in rete.